本文作者：Robert E. Kass; Brian S. Caffo; Marie Davidian; Xiao-Li Meng; Bin Yu; Nancy Reid 原文出处 Ten Simpl...
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Bioinformatics
富集性分析
经常看到一些饼图，描述某些事物的组成，比如说有钱人的学历分布，然后我们可以看到高学历所占比例并不高，根据这个比例下结论通常是错的，这些比例说明不了问题，如果把各种学历在总体人口中的分布做为背景进行考虑...
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超几何分布
简单点说，超几何分布就是有限样本的无放回抽样。不同于有放回抽样的二项分布（每次贝努里试验成功概率是一样的），每次的概率不相等。 随机变量X的超几何概率分布： f(k,N,M,n) = C(k,M)*C...
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R语言的各种检验
1、W检验（Shapiro–Wilk (夏皮罗–威克尔 ) W统计量检验) 检验数据是否符合正态分布，R函数：shapiro.test(). 结果含义：当p值小于某个显著性水平α(比如0....
Glossary
说说大家经常见到的p值
在论坛，经常发现有人发关于P值的帖子，搜索了一下，一共有29个关于P值的帖子。的确，P值是最常用的一个统计学指标，几乎统计软件输出结果都有P值。了解P值的由来、计算和意义很有必要。 一、P值的由来 R...
Bioinformatics
多重假设检验中的p值校正
在生物学特别是基因组学的研究工作中，经常会遇到多重假设检验（multiple testing）的问题；此时，得到的原始p值需要进行校正后才能使用，那么哪种校正方法更加适合自己的研究工作呢？p-valu...
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关于生物实验中的统计学
最近看到一篇很有意思的博文，关于统计学在心理学中应用引发的讨论。想到平时我们生物信息学分析数据的时候，往往很多结论和推断都是基于统计学意义上进行的，看到这篇博文觉得挺有意思，与生物信息人同飨。下面是博...
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R语言基础入门之五：简单线性回归
线性回归可能是数据分析中最为常用的工具了，如果你认为手上的数据存在着线性定量关系，不妨先画个散点图观察一下，然后用线性回归加以分析。下面简单介绍一下如何在R中进行线性回归。 一、回归建模 我们利用R语...
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R语言基础入门之六：Logistic回归
让我们用logistic回归来结束本系列的内容吧，本文用例来自于John Maindonald所著的《Data Analysis and Graphics Using R》一书，其中所用的数据集是an...
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R语言基础入门之三：常用统计函数运算
在R语言中经常会用到函数，例如上节中讲到的求样本统计量就需要均值函数(mean)和标准差函数(sd)。对于二元数值数据还用到协方差(cov)，对于二元分类数据则可以用交叉联列表函数(table)。下文...