Bioinformatics如何批量下载指定的序列? 【絮语】 下载序列简单不过,无非就是联网NCBI主页,选择数据库后输入AC号或GI号后直接下载。但是如何大批量下载,而且下载的序列是指定的AC或GI的呢?实现这一目的通常办法是借助一些生物软件的检索功... 06月06日11,9332序列 阅读全文
Bioinformatics使用 Gblocks 提取保守序列 1. Gblocks 简介 Gblocks用于从多序列比对结果中提取保守位点,以利于下一步的进化分析。 在线说明文档:http://molevol.cmima.csic.es/castresana/G... 02月07日15,235评论Gblocks 序列 阅读全文
EvolutionMEGA软件——系统发育树构建方法(图文讲解) 一、序列文本的准备 构树之前先将目标基因序列都分别保存为txt文本文件中(或者把所有序列保存在同一个txt文本中,可以用“>基因名称”作为第一行,然后重起一行 编辑基因序列),序列只包含序列字母... 12月02日45,1615序列 进化 阅读全文
Bioinformatics快速计算fasta序列长度的方法 最近看了一下进入PLoB的网页来路分析,看到有同学搜索计算fasta序列长度。其实自己在之前的数据分析中也遇到过相关的问题,这里给大家分享两种我常用的方法。 方法一:linux下用awk计算fasta... 10月03日14,1552bioperl 序列 阅读全文
Script利用bioperl读取复杂序列 Genbank序列描述的内容就非常丰富(类似的还有SwissProt,EMBL等格式的序列),除了名称、描述和序列字符串以外还有序列号、形状(线状还是环状?)、发布日期、所属物种以及序列内包含的基因、... 07月27日3,285评论perl 序列 阅读全文
GenomicsPacific Bio用于基因组组装 We are really amateurs, when it comes to Pacific Bio sequences. How amateur are we? A few weeks back... 06月24日2,132评论基因组组装 序列 阅读全文
GlossaryNCBI/DDBJ/EMBL序列的标识符:GI number和Accession.Version GI number及Accession.Version就像是序列的身份证号码一样。通过这个号码,我们能在NCBI/DDBJ/EMBL等数据库查到该序列的数据。 问题: 为什么会有两种类型的序列标识符(... 02月23日5,185评论NCBI 序列 阅读全文
Popular Science基因组测序永无止境的根本原因 1869年瑞士青年学者米歇尔(Johann F. Miescher,1844—1895年)在莱茵河鳟鱼的精子里发现了脱氧核糖核酸分子,即现在大家熟知的DNA。他虽然也曾猜想过DNA可能与遗传有关,但还... 12月29日2,6241 序列 测序 阅读全文
Genomics利用SeqMan做少量数据序列拼接的方法介绍 下面是DNAstar软件中的SeqMan软件的使用方法介绍,利用SeqMan做少量数据序列拼接 Step1:打开Seqman软件 Step2:加入你要拼接的序列 点击Add sequences 查找并... 12月18日17,925评论contig 序列 阅读全文
TranscriptomicsBowtie使用介绍 Bowtie是一个超级快速的,较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具。它在拼接35碱基长度的序列时,可以达到每小时2.5亿次的拼接速度。Bowtie并不是一个简单的拼接工具,它不同于Blast等。... 12月13日34,8781 reads 序列 阅读全文