【絮语】 下载序列简单不过，无非就是联网NCBI主页，选择数据库后输入AC号或GI号后直接下载。但是如何大批量下载，而且下载的序列是指定的AC或GI的呢？实现这一目的通常办法是借助一些生物软件的检索功...
如何批量下载指定的序列？
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使用 Gblocks 提取保守序列
1. Gblocks 简介 Gblocks用于从多序列比对结果中提取保守位点，以利于下一步的进化分析。 在线说明文档：http://molevol.cmima.csic.es/castresana/G...
MEGA软件——系统发育树构建方法（图文讲解）
一、序列文本的准备 构树之前先将目标基因序列都分别保存为txt文本文件中（或者把所有序列保存在同一个txt文本中,可以用“>基因名称”作为第一行，然后重起一行 编辑基因序列），序列只包含序列字母...
快速计算fasta序列长度的方法
最近看了一下进入PLoB的网页来路分析，看到有同学搜索计算fasta序列长度。其实自己在之前的数据分析中也遇到过相关的问题，这里给大家分享两种我常用的方法。 方法一：linux下用awk计算fasta...
利用bioperl读取复杂序列
Genbank序列描述的内容就非常丰富（类似的还有SwissProt，EMBL等格式的序列），除了名称、描述和序列字符串以外还有序列号、形状（线状还是环状？）、发布日期、所属物种以及序列内包含的基因、...
Pacific Bio用于基因组组装
We are really amateurs, when it comes to Pacific Bio sequences. How amateur are we? A few weeks back...
NCBI/DDBJ/EMBL序列的标识符：GI number和Accession.Version
GI number及Accession.Version就像是序列的身份证号码一样。通过这个号码，我们能在NCBI/DDBJ/EMBL等数据库查到该序列的数据。 问题： 为什么会有两种类型的序列标识符（...
基因组测序永无止境的根本原因
1869年瑞士青年学者米歇尔（Johann F. Miescher，1844—1895年）在莱茵河鳟鱼的精子里发现了脱氧核糖核酸分子，即现在大家熟知的DNA。他虽然也曾猜想过DNA可能与遗传有关，但还...
利用SeqMan做少量数据序列拼接的方法介绍
下面是DNAstar软件中的SeqMan软件的使用方法介绍，利用SeqMan做少量数据序列拼接 Step1:打开Seqman软件 Step2:加入你要拼接的序列 点击Add sequences 查找并...
Bowtie使用介绍
Bowtie是一个超级快速的，较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具。它在拼接35碱基长度的序列时，可以达到每小时2.5亿次的拼接速度。Bowtie并不是一个简单的拼接工具，它不同于Blast等。...