如何批量下载指定的序列? Bioinformatics

如何批量下载指定的序列?

【絮语】 下载序列简单不过,无非就是联网NCBI主页,选择数据库后输入AC号或GI号后直接下载。但是如何大批量下载,而且下载的序列是指定的AC或GI的呢?实现这一目的通常办法是借助一些生物软件的检索功...
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快速计算fasta序列长度的方法 Bioinformatics

快速计算fasta序列长度的方法

最近看了一下进入PLoB的网页来路分析,看到有同学搜索计算fasta序列长度。其实自己在之前的数据分析中也遇到过相关的问题,这里给大家分享两种我常用的方法。 方法一:linux下用awk计算fasta...
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利用bioperl读取复杂序列 Script

利用bioperl读取复杂序列

Genbank序列描述的内容就非常丰富(类似的还有SwissProt,EMBL等格式的序列),除了名称、描述和序列字符串以外还有序列号、形状(线状还是环状?)、发布日期、所属物种以及序列内包含的基因、...
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Bowtie使用介绍 Transcriptomics

Bowtie使用介绍

Bowtie是一个超级快速的,较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具。它在拼接35碱基长度的序列时,可以达到每小时2.5亿次的拼接速度。Bowtie并不是一个简单的拼接工具,它不同于Blast等。...
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