利用cell ranger分析scRNA-Seq数据后一般会得到这三个文件， barcodes.tsv.gz # 每个barcode代表一个cell features.tsv.gz # 每个feat...
Cell Ranger 输出文件介绍
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单细胞测序扫盲
一、什么是单细胞测序？ 如果简单地说，单细胞测序就是获取单个细胞遗传信息的测序技术，似乎没有多大的帮助。为了理解这个问题，咱们不妨先来了解一下测序技术到底可以做些什么。 目前，测序可以回答以下6类问题...
单细胞RNA测序方案比较
目前，随着单细胞RNA测序技术（scRNA）的成熟，新的测序方案不断出现。那么，各种技术平台的性能如何呢？优缺点有哪些呢？如何根据我们的研究目的选择合理的单细胞RNA测序技术呢？ 本文系统的比较了6种...
单细胞测序教程
小伙伴们，大家好，今天我们来开启一个新的话题，Single cell sequence，近来单细胞测序在探索生物过程、疾病机理等方面展现了前所未有的精度，通过对单细胞进行 DNA 和 RNAseq 我...
系统学习单细胞转录组测序scRNA-Seq(三)
scRNA的上游处理CellRanger，CellRanger就是基于10X genomics，从fastq生成表达矩阵的工具，然后有了表达矩阵，就可以下游利用Seurat等R包分析 CellRang...
系统学习单细胞转录组测序scRNA-Seq(一)
单细胞测序是目前研究的热点，那么我重新回来探究一下，首先问自己几个问题： 都是转录组测序，有什么不一样？ 看到转录组我们都不陌生，有参无参也都做了许多了，但是对一个细胞测序，为什么呢？10X给出了一个...
单细胞测序中如何对低质量细胞进行质控检验
1 低质量细胞的影响 细胞破坏后，可能会导致线粒体或核RNAs占比升高（就是上面解释的大量细胞质中mRNA流失，而线粒体或核RNAs含量基本不变），很有可能会根据这个结果形成自己的一个个cluster...
single cell单细胞测序分析教程
1 前言 依旧是我的传统：不🙅♀️翻译 并结合自己的知识尝试加入自己的理解 这次的官方教程主要介绍使用简单数据集（Lun et al. 2017）来走scRNA的分析流程。这个数据集中包含2个96孔...
单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）
主编评语这篇文章最好的地方不只在于推荐了工具，提供了一套分析流程，更在于详细介绍了有哪些方法可用、什么时候用哪些方法和有什么注意事项。这也是我们易生信培训过程中广泛讨论的问题。 Abstract 单细...
单细胞测序方法比较
导读 在单细胞研究的大潮中，新的测序方法层出不穷。不过，很少有人对这些方法进行系统的比对。慕尼黑大学生物学家Wolfgang Enard最近领导团队，在小鼠胚胎干细胞的基因表达研究中比较了一些常用的单...