CellChat简介 CellChat的特点 全面的数据：大多数的细胞通讯分析方法通常只考虑配体/受体基因对，往往忽略了多亚基复合物受体和其他信号辅助因子。CellChat的作者人工挑选了2021个经...

速率分析的原理 大家第一次听到RNA速率/速度，是不是感觉和我一样懵呢？再看文献提到的时间导数、微分方程和一大堆公式，是不是更搞不清作者在讲什么？我们常用的基因表达矩阵，如velocyto的作者在文献...

在分析scRNA-seq数据之前，我们必须确保所有细胞barcode均与活细胞相对应。通常基于三个QC协变量执行细胞QC（Quality control）： 每个barcode的数量 每个barcod...

背景知识 Doublets及其形成的原因 单细胞测序期望每个barcode标签下只有一个真实的细胞，但是实际数据中会有两个或多个细胞共用一个barcode的情况，业内称之为doublets或multi...

单细胞测序技术自2009年问世，2013年被Nature Methods评为年度技术以来，越来越多地被应用在科研领域。 2015年以来，10X Genomics、Drop-seq、Micro-well...

简史其实单细胞测序已有十年的历史了，十年来，通量不断提升，成本不断降低，已经到了“旧时王谢堂前燕，飞入寻常百姓家”的历史阶段。不信请看《Nature Methods》2013年度技术；《Nature》...

一般我们拿到 10x 空间转录组数据分析的结果最先看的肯定是 web_summary 网页报告，因为从这个结果里面我们大概就能判断你的数据好不好，不好的问题在哪里，数据到底能不能用等等。这里来详细介绍...

1、单细胞测序概论 过去二十几年里，随着基因测序技术水平的提高以及千人基因组计划、癌症基因组计划、Meta-Hit计划等重大国际合作项目的相继开展，基因组研究日渐被推向高潮。然而，迄今为止使用的测序材...

为什么要学习single-cell RNA-seq 在整个人体组织中，细胞类型、状态和相互作用是非常多种多样的，为了更好的了解这些组织和存在的细胞类型，我们需要更高分辨率的技术，而scRNA-seq提...

与其他高通量测序技术类似，10x Genomics单细胞转录组测序数据的各项主要指标需要经过统计和质控，以便评价测序数据的整体质量。在众多的指标中，关于测序饱和度（sequencing saturat...