常用的SNP检测方法 Genomics

常用的SNP检测方法

SNP 是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA 序列多态性,在群体中的发生频率不小于1 %。包括单个碱基的转换、颠换、插入和缺失等。所谓转换是指同型碱基之间的转换,如嘌呤与嘌呤( G2A) ...
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CpG岛甲基化图谱分析的三种优化流程 Genomics

CpG岛甲基化图谱分析的三种优化流程

摘要:  重亚硫酸盐DNA转化是甲基化研究中最常用的技术,因为它相对较简单,而其他方法都很繁琐,需要大量的优化工作。重亚硫酸盐转化方法将未甲基化的胞嘧啶转化成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不变,从而精确...
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Quake的安装方法 Genomics

Quake的安装方法

目前用于二代测序Reads中错误校正的工具比较多,如SOAP的correction、Quake等,目前quake效果比较不错。下面给大家简单介绍quake软件的安装方法 安装 Quake在使用中需要一...
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DNA甲基化测序问题集锦 Genomics

DNA甲基化测序问题集锦

DNA甲基化(DNA methylation)为DNA化学修饰的一种形式,能在不改变DNA序列的前提下,改变遗传表观。 DNA甲基化在维持细胞正常功能、传递基因组印记,胚胎发育、肿瘤发生等方面发挥重要...
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目标序列捕获测序常见问题集锦 Genomics

目标序列捕获测序常见问题集锦

目标序列捕获测序,是将感兴趣的基因组区域定制成特异性探针与基因组DNA进行杂交(固相或液相),将目标基因组区域的DNA片段进行富集后再利用第二代测序技术进行测序。这种新的方法与PCR方法相比,通量高,...
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各种测序文库构建方式 Genomics

各种测序文库构建方式

目前3种测序技术 Roche 454,Solexa和ABI SOLID均有单端测序和双端测序两种方式。在基因组De Novo测序过程中,Roche 454的单端测序读长可以达到400 bp,经常用于基...
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比较基因组分析的基本思路 Genomics

比较基因组分析的基本思路

比较基因组学是指在基因组图谱和序列分析的基础上,对已知基因和基因的结构进行比较,了解基因的功能,表达调控机制和物种进化过程的学科。一般包括以下几个方面的内容: (1) 和近缘物种进行成对基因组比对。可...
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基因组注释分析主要包括哪些内容 ? Genomics

基因组注释分析主要包括哪些内容 ?

基因组注释包括以下方面的内容: (1) 重复序列的预测。通过比对已知的重复序列数据库,找出序列中包含的重复序列,识别类型并转化为N或者X,统计各种类型重复序列的分布。 (2) 编码基因的预测。通过将转...
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如何利用重测序进行SNP分析? Genomics

如何利用重测序进行SNP分析?

利用新一代测序技术进行SNP分析,一般包括如下几步: (1) 测序结果的预处理,去除低质量的数据; (2) 利用短序列比对软件进行全基因组比对,找出多态性位点; (3) 根据一定规则来筛选可靠的SNP...
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