EpigeneticsChIP-Seq分析小实战(一) ChIP-Seq分析小实战(一) ChIP-Seq分析小实战(二) ChIP-Seq分析小实战(三) ChIP知识点的梳理 ChIP属于表观遗传学中的一门技术,我第一次了解表观遗传学是通过一本叫遗传的... 11月17日2,334评论chip-seq 阅读全文
Epigenetics甲基化数据分析 相关的分析软件: methylKit: https://code.google.com/p/methylkit/ BSMAP:https://code.google.com/p/bsmap/ MOAB... 10月22日10,6591 DNA甲基化 甲基化 阅读全文
EpigeneticsDNA甲基化分析流程和软件集锦 DNA甲基化分析流程示意图 Workflow of high-throughput DNA methylation analysis. The workflow shows the ba... 08月14日19,790评论二代测序 甲基化 阅读全文
EpigeneticsChip-seq处理流程 本文将以MACS为例,介绍ChIP-seq数据的处理流程。为节省篇幅,本文略去测序数据预处理、mapping reads等步骤,直接从peak-calling开始讲起。 一、首先粗略地介绍一下MACS... 05月08日32,0931 chip-seq MACS 阅读全文
Epigenetics甲基化测序方法及比较 甲基化测序方法有多种,以上列举了十几种,相信这也使大家经常会用到的种类,其中不知包含了甲基化研究的方法,还包含了羟甲基化的研究方法,当然现有的羟甲基化研究手段还不是很成熟,至少在我接触到的老师当中,很... 04月16日16,555评论甲基化 阅读全文
EpigeneticsPyroSequencing—DNA甲基化分析的金标准 DNA甲基化是生命发育调控的重要手段。一个人全身各处细胞中DNA序列基本一致,但是各种分化的细胞可以特异性地分化出各种功能,表观的调控起了绝大部分的作用。而表观的调控中,甲基化的修饰又是重中之重。 甲... 03月20日3,040评论PyroSequencing 甲基化 阅读全文
EpigeneticsMACS(Model-based Analysis of ChIP-Seq)使用说明 在使用Bowtie比对于完Chip-Seq的结果后,就需要用到MACS或者ERANGE来找出峰所在的位置了。但是由于ERANGE的设置比较复杂,所以最为流行的还是MACS。 我们首先来了解一下MACS... 01月26日6,5413chip-seq MACS 阅读全文
Epigenetics表观基因组学实验的三个步骤 2008年早期,美国国家卫生研究院NIH宣布了一项涉及1.9亿元,时间长达5年的表观遗传学项目,这一项目作为NIH“路线图计划”(RoadMap Initiative)的组成部分,总体目标包括几个方面... 06月04日2,857评论甲基化 表观遗传 阅读全文
EpigeneticsMACS2 安装 最近在学习和使用MACS2,由于Ubuntu的一些配置问题,致使在MACS2的安装始终遇到中断,在查询很多资料以后,最终安装成功,现在与大家在这里一起分享: 1)下载MACS2 $ python se... 04月20日5,023评论MACS2 阅读全文