ChIP-Seq分析小实战（一） ChIP-Seq分析小实战（二） ChIP-Seq分析小实战（三） ChIP知识点的梳理 ChIP属于表观遗传学中的一门技术，我第一次了解表观遗传学是通过一本叫遗传的...
ChIP-Seq分析小实战（一）
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甲基化数据分析
相关的分析软件： methylKit： https://code.google.com/p/methylkit/ BSMAP：https://code.google.com/p/bsmap/ MOAB...
DNA甲基化分析流程和软件集锦
DNA甲基化分析流程示意图 Workflow of high-throughput DNA methylation analysis. The workflow shows the ba...
Chip-seq处理流程
本文将以MACS为例，介绍ChIP-seq数据的处理流程。为节省篇幅，本文略去测序数据预处理、mapping reads等步骤，直接从peak-calling开始讲起。 一、首先粗略地介绍一下MACS...
甲基化测序方法及比较
甲基化测序方法有多种，以上列举了十几种，相信这也使大家经常会用到的种类，其中不知包含了甲基化研究的方法，还包含了羟甲基化的研究方法，当然现有的羟甲基化研究手段还不是很成熟，至少在我接触到的老师当中，很...
PyroSequencing—DNA甲基化分析的金标准
DNA甲基化是生命发育调控的重要手段。一个人全身各处细胞中DNA序列基本一致，但是各种分化的细胞可以特异性地分化出各种功能，表观的调控起了绝大部分的作用。而表观的调控中，甲基化的修饰又是重中之重。 甲...
MACS(Model-based Analysis of ChIP-Seq)使用说明
在使用Bowtie比对于完Chip-Seq的结果后，就需要用到MACS或者ERANGE来找出峰所在的位置了。但是由于ERANGE的设置比较复杂，所以最为流行的还是MACS。 我们首先来了解一下MACS...
表观基因组学实验的三个步骤
2008年早期，美国国家卫生研究院NIH宣布了一项涉及1.9亿元，时间长达5年的表观遗传学项目，这一项目作为NIH“路线图计划”（RoadMap Initiative）的组成部分，总体目标包括几个方面...
MACS2 安装
最近在学习和使用MACS2，由于Ubuntu的一些配置问题，致使在MACS2的安装始终遇到中断，在查询很多资料以后，最终安装成功，现在与大家在这里一起分享： 1）下载MACS2 $ python se...