bismark 软件根据序列的比对情况就可以识别甲基化位点，首先需要对基因组建立索引，建好索引之后，就可以开始比对了。 我用的软件自带的单端测序的数据集进行测试， 命令如下 bismark hg19...
bismark 识别甲基化位点-比对篇
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bismark 识别甲基化位点
在bismark中，根据甲基化的C所处的上下文环境，分成以下3类； CpG CHG CHH p代表磷酸二酯键，CpG指的是甲基化的C的下游是1个G碱基。H代表除了G碱基之外的其他碱基，即A, C, T...
bismark 识别甲基化位点-可视化篇
在bismark中提供了两种生成html报告的方式，对应两个命令 bismark2report bismark2summary 第一个命令针对单个样本。每个样本在比对之后，都会生成一个report 文...
methylKit 进行差异甲基化分析
methylKit 是一个用于分析甲基化测序数据的R包，不仅支持WGBS，RRBS和目的区域甲基化测序，还支持oxBS-sq, TAB-seq等分析5hmc的数据。 其核心功能是差异甲基化分析和差异甲...
bsseq 进行差异甲基化分析
bsseq 主要用来分析WGBS的数据, 安装过程如下 source(“http://bioconductor.org/biocLite.R“) biocLite(“bsseq”) bsseq的分析主...
ATAC-Seq分析教程：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同
ATAC-Seq简介 ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing） 是201...
评估测序文库复杂度 Library Complexity
在制备测序文库时，经常会增加PCR的步骤来扩增DNA片段。如何评估PCR的效果和影响，本文主要分享ENCODE中针对ChIP-Seq和ATAC-Seq标准来说明。 ENCODE中主要通过三个参数来反应...
HiChIP实验原理、技术背景和分析介绍
HiChIP（in situ Hi-C followed by chromatin immunoprecipitation）是一种利用原位Hi-C原理和转座酶介导构建文库来解析染色质构象的方法。该方法...
ATAC-Seq分析教程：原始数据的质控、比对和过滤
ATAC-Seq分析教程系列 ATAC-Seq分析教程：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同 ATAC-Seq分析教程：原始数据的质控、比对和过滤 ATAC-Seq分析教程：用MAC...
ATAC-Seq分析教程：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（一）phantompeakqualtools
ATAC-Seq分析教程系列 ATAC-Seq分析教程：ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同 ATAC-Seq分析教程：原始数据的质控、比对和过滤 ATAC-Seq分析教程：用MAC...