鉴定可重复的Peaks Epigenetics

鉴定可重复的Peaks

ATAC-Seq/ChIP-Seq通常需要2个会更多的生物学重复(十分珍贵或者稀有样本除外,但必须做至少2次技术重复)。理论上重复样本的peaks应该有高度的一致性,实际情况并不完全与预期一致。如何评...
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bismark 识别甲基化位点-比对篇 Epigenetics

bismark 识别甲基化位点-比对篇

bismark  软件根据序列的比对情况就可以识别甲基化位点,首先需要对基因组建立索引,建好索引之后,就可以开始比对了。 我用的软件自带的单端测序的数据集进行测试, 命令如下 bismark hg19...
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bismark 识别甲基化位点 Epigenetics

bismark 识别甲基化位点

在bismark中,根据甲基化的C所处的上下文环境,分成以下3类; CpG CHG CHH p代表磷酸二酯键,CpG指的是甲基化的C的下游是1个G碱基。H代表除了G碱基之外的其他碱基,即A, C, T...
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