Epigenetics各种染色体元件鉴定方法比较 最近有人问我关于ATAC-Seq与ChIP-Seq的区别。刚好在分析ATAC-Seq和DNase-Seq的数据,于是做了个简单介绍。在六六_ryx的博客里面看到下面的介绍,做了简单修改放在这里跟大家分... 03月01日 3,598 评论 阅读全文
Epigenetics一文了解ATAC-seq Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing(ATAC-Seq)即利用转座酶探究可接近性染色质高通... 12月07日 19,037 评论 阅读全文
Epigenetics鉴定可重复的Peaks ATAC-Seq/ChIP-Seq通常需要2个会更多的生物学重复(十分珍贵或者稀有样本除外,但必须做至少2次技术重复)。理论上重复样本的peaks应该有高度的一致性,实际情况并不完全与预期一致。如何评... 10月01日 2,121 评论 阅读全文
Epigeneticsbismark 识别甲基化位点-比对篇 bismark 软件根据序列的比对情况就可以识别甲基化位点,首先需要对基因组建立索引,建好索引之后,就可以开始比对了。 我用的软件自带的单端测序的数据集进行测试, 命令如下 bismark hg19... 09月13日 2,877 评论 阅读全文
Epigeneticsbismark 识别甲基化位点 在bismark中,根据甲基化的C所处的上下文环境,分成以下3类; CpG CHG CHH p代表磷酸二酯键,CpG指的是甲基化的C的下游是1个G碱基。H代表除了G碱基之外的其他碱基,即A, C, T... 09月13日 2,425 评论 阅读全文
Epigeneticsbismark 识别甲基化位点-可视化篇 在bismark中提供了两种生成html报告的方式,对应两个命令 bismark2report bismark2summary 第一个命令针对单个样本。每个样本在比对之后,都会生成一个report 文... 09月13日 3,699 评论 阅读全文
EpigeneticsmethylKit 进行差异甲基化分析 methylKit 是一个用于分析甲基化测序数据的R包,不仅支持WGBS,RRBS和目的区域甲基化测序,还支持oxBS-sq, TAB-seq等分析5hmc的数据。 其核心功能是差异甲基化分析和差异甲... 09月13日 2,916 评论 阅读全文
Epigeneticsbsseq 进行差异甲基化分析 bsseq 主要用来分析WGBS的数据, 安装过程如下 source(“http://bioconductor.org/biocLite.R“) biocLite(“bsseq”) bsseq的分析主... 09月13日 2,076 1 阅读全文
Epigenetics评估测序文库复杂度 Library Complexity 在制备测序文库时,经常会增加PCR的步骤来扩增DNA片段。如何评估PCR的效果和影响,本文主要分享ENCODE中针对ChIP-Seq和ATAC-Seq标准来说明。 ENCODE中主要通过三个参数来反应... 04月04日 3,757 1 阅读全文
EpigeneticsHiChIP实验原理、技术背景和分析介绍 HiChIP(in situ Hi-C followed by chromatin immunoprecipitation)是一种利用原位Hi-C原理和转座酶介导构建文库来解析染色质构象的方法。该方法... 01月02日 4,122 评论 阅读全文