地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/ 里面主要有以下几个文件 我这里主要介绍gene2ensembl，gene2accession， gene2pubmed...
在centOS 5上安装HTSeq
安装HTSeq，需要Python版本在2.5以上(但是在Python 3下不行)，并且需要安装NumPy。如果已经安装了NumPy的话，安装HTSeq并不困难。但是如果没有安装的话，可能会比较麻烦。 ...
转录组HTseq对基因表达量进行计数
一：下载安装该软件 下载htseq这个python模块安装解压包，依赖于很多python的其它安装包及库，模块，我最讨厌python了，在有些电脑上特别难安装，而且服务器还有权限的问题。 解压进入该目...
转录组比对软件tophat的使用
为什么要用这个软件？：因为转录组reads比对到基因组reads用bwa和bowtie的效果都不够好，所以我们选择tophat 它做了什么？：tophat把测序的转录组的原始reads比对到了参考基因...
根据已知的参考基因组和GTF创建适合自己分析的基因组和GTF
############################################################### ######################## Genome buil...
liftOver
功能：实现不同基因版本的转换。 下载地址：http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/ 使用方法：【从hg18转到hg19】 liftOver your.hg1...
单细胞知识-测序饱和度
与其他高通量测序技术类似，10x Genomics单细胞转录组测序数据的各项主要指标需要经过统计和质控，以便评价测序数据的整体质量。在众多的指标中，关于测序饱和度（sequencing saturat...
MAFFT多重序列比对图解教程
【絮语】 一提到多重序列比对，很多人禁不住就想到ClustalW（Clustalx为ClustalW的GUI版），其实有一款多重序列比对软件－MAFFT，不论从比对速度（Muscle>MAFFT...
多重比对着色软件包 TEXshade 图解安装教程
【絮语】 TEXshade 是 Latex 的一个宏包，可以对 MSF或 ALN 格式的多重比对文件以不同的方式进行着色美化，并可以对重要的位置和区域作出标记。用 TEXshade软件包能做出来的多重...
多重序列比对的着色美化
【絮语】 多重比对是核苷酸和氨基酸序列分析的重要内容之一，通过多重比对，可以找出序列的保守区域，可以为分子进化分析提供依据。但由于软件的功能限制，一些比对软件生成的比对文件，如Clustalx的*.a...