liftOver

功能:实现不同基因版本的转换。

下载地址:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/

使用方法:【从hg18转到hg19】

liftOver  your.hg18.bed  hg18ToHg19.over.chain Hg19_Files/your.hg19.bed  Hg18_Files/unmapp_hg18.bed

#!/bin/bash
for file in *.bed; do
    newfile=${file/%.bed/_hg18.bed}
    unmapp_file=${file/%.bed/_Unmapped.bed}
    liftOver $file hg18ToHg19.over.chain Hg18_Files/$newfile Hg18_Files/$unmapp_file
done

其他资料:

http://genome.sph.umich.edu/wiki/LiftOver

http://www.cnblogs.com/foreverycc/p/3170807.html

http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenpath/hg19/liftOver/

原文来自:http://www.zilhua.com/906.html

  • 本文由 整理发表
  • 网站部分文章源自互联网,若未正确标注来源,请联系管理员更新。文章转载,请务必保留本文链接

您必须才能发表评论!