简介 MaxQuant是基于质谱(Ms)的蛋白质组学数据分析最常用的平台之一，目前认可度相对较高，可针对多种质谱数据。拥有自己的肽段搜索引擎- Andromeda。对于碰撞诱导离解(CID)、高能碰撞...
手把手教会高速下载SRA数据
一、SRA数据结构 SRA（Sequence Read Archive）数据包括下面四级。 NCBI BioProject：PRJN**** ，是单个研究计划，可能包含多个样本和数据集。 SRA Ex...
HMMER学习笔记
简单的讲HMMER就是一款比对软件，可以类似于blast等，但是它提供的比对结果要精确于blast,相应的速度也要慢。与其类似的比对软件有PSI-blast、SAM、PFTOOLS等。 用途一：对于一...
SignalP 5.0 信号肽预测
信号肽（signal peptides） SignalP是目前应用最广泛的氨基酸序列信号肽在线预测工具，预测给定的氨基酸序列中是否存在潜在的信号肽剪切位点及其所在未知。最新的版本是SignalP 5....
Mothur命令中文解释（Mothur中文简易教程）
前言说明： Mothur命令教程从这个页面http://www.mothur.org/wiki/Category:Commands上查阅的所有命令，根据个人理解翻译了一下。大家使用的时候使用Ctrl+...
使用 MAFFT 进行多序列比对
1. MAFFT 简介 最经典和广为熟知的多序列比对软件是 clustalw 。 但是现有的多序列比对软件较多，有文献报道：比对速度（Muscle>MAFFT>ClustalW>T-...
短序列比对工具简介
有趣的是，大部分的short read比对工具都是由中国人写出来的。因此可以说华大基因（BGI， Beijing Genomics Institute, Chinese Academy of Scie...
析因设计资料的方差分析
利血平可以使小鼠的去甲肾上腺素等递质下降，现考察某种新药是否具有对抗利血平的降递质作用，将24只小鼠随机分为4组，并给与不同的处理后，测量闹钟去甲肾上腺素的含量（ng/g组织），结果如下： 试进行分析...
医学统计学中RR、OR和HR三个关于比值的概念
在医学统计学中，有三个关于比值的概念，分别为相对危险度（relative risk，RR，也称 risk ratio）、风险比（hazard ratio，HR）和优势比（odds ratio，OR）。...
RR值的含义与解释
RR值，（Risk Ratio）称为相对危险度，或者危险比，实质就是两个率的比，是两组真实发病率、患病率或死亡率的比值。而我们介绍过，OR值是两个比值的比。通常是病例组中暴露和非暴露的比例比上对照组里...