转录组入门(6): reads计数 Transcriptomics

转录组入门(6): reads计数

要求 实现这个功能的软件也很多,还是烦请大家先自己搜索几个教程,入门请统一用htseq-count,对每个样本都会输出一个表达量文件。 需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵。参考:生信编程直播第四题:多...
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RNA-seq数据综合分析教程 Transcriptomics

RNA-seq数据综合分析教程

2 RNA-seq数据分析 mRNA-seq是目前最常用的高通量测序技术,一般的用法就是看看基因表达谱,寻找差异表达的基因。我和高通量测序数据分析结缘,也是因为RNA-seq。 一开始我对mRNA-s...
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本体论和功能分析 Genomics

本体论和功能分析

为什么需要本体论 作为一位大学统计棉花表皮毛的苦逼生物狗,深刻体会什么叫做经验,也就是人类模式识别能力的强大和不精确性。当时的导师教我如何根据表皮毛的长短和浓密进行基因型的判定,但是我一直纠结长和短,...
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如何进行变异检测 Genomics

如何进行变异检测

什么是基因组变异 基因组变异是一个定义比较模糊的概念. 所谓的变异是相对于一个完美的“参考基因组”而言。但是其实完美的“参考基因组”并不存在,因为我们只是选择某一个物种里的其中似乎比较正常的个体进行测...
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