基因组数据库-一个物种的官网

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所属分类:Genomics

基因组数据库相当于一个物种的官网,关心该物种的科学家可以通过访问网站了解物种信息、科研进展、做blast等简单分析、下载基因组数据,基因组数据库最核心的模块是基因组浏览器,可以可视化查看基因结构、变异位点、基因表达等信息。

为什么要搭建基因组数据库

  1. 方便共享数据:基因组数据库可以聚合一个物种的所有基因组信息,收集和共享数据;
  2. 可视化分析数据:基因组浏览器可以对基因组碱基组成、基因结构、SNP等变异信息、基因表达量等进行可视化的生动展示;
  3. 提高您在该领域的知名度和权威性;
  4. 基因组数据库数据积累起来之后可以独立发文章。

标准基因组数据库(单个物种)

几乎所有已测序国外机构测序的物种都建立了独立的基因组数据库,比如:水稻、拟南芥、果蝇、小鼠、玉米、家蚕、可可等,还有近期发表的猕猴桃、无油樟。

标准基因组数据库的组成模块

Figure 1 标准基因组数据库的组成模块

参考网站猕猴桃基因组数据库

我们推出的标准基因组数据库包含以下模块:

  1. 物种信息:介绍该物种的进化地位、特性、科研进展等
  2. 基因组信息:介绍基因组大小、组装结果、注释结果、图谱、共线性分析等
  3. FTP服务器:方便下载基因组相关数据
  4. 可视化Blast服务器:方便从基因组、CDS、蛋白序列中提取关心的序列

猕猴桃基因组数据库首页Figure 2猕猴桃基因组数据库首页(一个最简单的示例)

blastFigure 3 通过网页就可以实现在基因组序列、基因集序列中搜索相似序列

  1. 基因组浏览器:基于Gbrowse或Jbrowse的基因组浏览器,可视化查看每一条序列的碱基组成、变异信息(支持重测序结果bam、vcf格式)每一条基因的结构、表达丰度(支持转录组数据)。Demo

通过基因组浏览器查看一段序列的碱基组成、SNP变异Figure 4 通过基因组浏览器查看一段序列的碱基组成、SNP变异

通过基因组浏览器查看一段序列上的基因结构Figure 5 通过基因组浏览器查看一段序列上的基因结构

可以将RNA-Seq、表达芯片的数据导入到基因组浏览器,查看表达丰度Figure 6 可以将RNA-Seq、表达芯片的数据导入到基因组浏览器,查看表达丰度

参考价格:标准数据库的参考价格是5W,45个工作日交付。

同科(属)、同类物种基因组数据库(多个物种)

参考数据库蔷薇科基因组数据库

同一个科属的物种为了比较基因组学研究的方便,也建立了数据库。比如:蔷薇科、柑橘属。相关物种为了功能基因组学的研究方便,建立了基因组数据库。比如:硬木、豆类、作物。

除了为每个物种提供标准数据库的功能外,多个物种数据库还可以提供比较基因组的分析。

蔷薇科基因组数据库Figure 7 蔷薇科基因组数据库

蔷薇科基因组数据库包含的物种Figure 8 蔷薇科基因组数据库包含的物种

物种间共线性分析Figure 9物种间共线性分析

附 : 参考数据库列表

单个物种

1.     芭蕉基因组

2.     棉花基因组

3.     可可基因组数据库

4.     猕猴桃基因组数据库

5.     家蚕基因组数据库

6.     假丝酵母基因组数据库

7.     玉米基因组数据库

8.     石斑鱼基因组数据库

9.     果蝇基因组数据库

10.   无油樟基因组数据库

11.   大鼠基因组数据库

12.   海胆基因组数据库

13.   酵母基因组数据库

同科、同属或同类

14.   蔷薇科物种基因组数据库

15.   柑橘属基因组数据库

16.   越橘属基因组数据库

同类

17.   硬木基因组数据库

18.   豆类基因组数据库

19.   作物基因组数据库

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