最近一个课题需要对基因表达数据进行混合模型（mixture modeling）分析，主要是两个高斯分布混合模型。看到其他人的文章中提及到flexmix包，大致了解了一下，发现很强大。关于它的使用，我发...

学习率是最影响性能的超参数之一，如果我们只能调整一个超参数，那么最好的选择就是它。相比于其它超参数学习率以一种更加复杂的方式控制着模型的有效容量，当学习率最优时，模型的有效容量最大。本文从手动选择学习...

Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing（ATAC-Seq）即利用转座酶探究可接近性染色质高通...

在之前的Evolview系列文章已为大家介绍过进化树与条形图、点图、热图以及蛋白结构域组合绘制，今天重点介绍进化树的装饰以及按簇进行分组美化。比如，学习绘制Evolview最美的一个展示案例（show...

gggenes是ggplot2的扩展包，用于绘制基因结构图、多物种基因比较图的很好玩的工具。https://wilkox.org/gggenes/ 安装 一种是安装稳定版本的gggene instal...

CSC基因组浏览器在大规模高通量数据的可视化和比较分析研究中发挥着重要的作用。拥有了本地浏览器，就可以对自己的测序数据进行更深入的分析和共享使用。本文详细介绍了如何一步步在本地安装、配置、高级使用UC...

基因表达标准化 不同样品的测序量会有差异，最简单的标准化方式是计算 counts per million (CPM)，即原始reads count除以总reads数乘以1,000,000。 这种计算方...

在做heatmap聚类之后，常常因为一些分析，需要获取聚类后的矩阵。这里分享一种刚刚学习到的方法。 该方法基于heatmap.2的hierarchical clustering聚类。 首先产生随机数据...

什么是Phasing？ Phasing，或者说Genotype Phasing，它的中文名有很多：基因定相、基因分型、单倍体分型、单倍体构建等在不同的语境下都有人说过。但不管如何，所谓Phasing就...