Transcriptomics

GEPIA2使用教程

今天跟大家分享的是一个在线TCGA基因表达和生存分析的工具(GEPIA2),2019年发表在NAR上,目前已更新到2.0版本,访问网址是http://gepia2.cancer-pku.cn/#ind...
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Statistics

适应性设计(Adaptive Design)简介

随机对照试验中研究设计比较像八股文,无论平行设计还是交叉设计,个体随机还是整群随机,一般都要求在研究开始就应该确定研究的假设和统计假设,并通过合理的计算确定研究的样本量。但是,临床研究实际往往都比我们...
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Bioinformatics

Hi-C文库数据质控及解读

数据自身的质量在很大程度上决定了分析结果的准确和可靠,随着Hi-C技术在三维基因组学上的快速推广,对于Hi-C数据本身的质量和测序深度也逐渐引起研究人员的重视。同时对该技术的进一步优化和改进使之能够在...
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Bioinformatics

扩增子分析QIIME2 简介和安装

声明:本文为QIIME2官方帮助文档的中文版,由中科院遗传发育所刘永鑫博士翻译并亲测有效,文档翻译己获QIIME2团队官方授权。由于QIIME2更新频繁,如使用中遇到问题请访问QIIME2官方论坛阅读...
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Bioinformatics

Co-occurrence网络图在R中的实现

作者:陈亮 单位:中科院微生物所, 编辑: 刘永鑫 编者按:上个月菌群月坛,在军科院听取王军组陈亮博士分享网络分析的经验,不仅使我对网络的背景知识有了更全面的认识,更使我手上一个关于菌根的课题有极大的...
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Evolution

用iTOL轻松绘制高颜值系统进化树

时至今日,科研文章也紧随时代潮流,文章中各种高大上的配图层出不穷。究其原因主要包括两点:一是在科研数据和内容更加丰满而文章发表配图张数受限的情况下组合图更具实用性;二是一幅高颜值的配图不仅能提升文章的...
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