生存分析是医学领域常见的分析方法，也可以拓展到其他专业领域。这篇帖子的目的就是介绍怎么做生存分析，希望能对临床医学的同学提供一定帮助。 简明扼要地讲，生存分析的目的无外乎六个字：描述、比较、关系。 1...
Illumina测序数据的质量控制
我们先来看一下不同平台数据格式： 1. 产出数据格式 Solexa—fastq 2. 产出数据格式 454—fasta 测序读长即每条测序读断的长度，所有平时大家叫的read...
没有root管理员权限安装常用群体遗传学分析软件
由于生物信息的大部分工作都是在没有 root 权限的集群上进行的，本期主要介绍一下非 root 用户怎么安装群体遗传常用的软件。工欲善其事，必先利其器！ 准备工作 1、首先我们建一个文件夹，用来存储我...
测序结果中的接头序列来自哪里？
Illumina 测序原理 在进入本期的正题之前，我们需要了解一下 Illumina 的测序原理，在这里用一张图简单的展示一下： 图1 Illumina 测序原理 (图片来自https://www.i...
高通量测序数据质控神器—Trimmomatic
今天给大家推荐一个高通量测序数据质控神器——Trimmomatic。这个于 2014 年发表在 Bioinformatics 上的软件，至今为止在 Web of Science 上可以检索到 2,09...
meta分析森林图的解读
森林图是meta分析中hin重要又常见的元素，它以一条垂直的无效线为中心，用平行于横轴的多条线段表示每个被纳入研究的效应量和可信区间，用一个菱形描述合并的效应量及其可信区间。但，森林图具体怎么看呢?今...
Single Cell RNA-seq原理理解
前言这次学习的本体是来自剑桥大学: Vladimir Kiselev, Tallulah Andrews, Davis McCarthy and Martin Hemberg几位大佬建立的course...
GSEA分析支持的数据格式
1 表达式数据格式 1.1 GCT：基因簇文本文件格式（* .gct） 1.2 RES：ExpRESsion（带P和A调用）文件格式（* .res） 1.3 PCL：斯坦福cDNA文件格式（* .pc...
R语言学习 – 箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图）
箱线图 箱线图是能同时反映数据统计量和整体分布，又很漂亮的展示图。在2014年的Nature Method上有2篇Correspondence论述了使用箱线图的好处和一个在线绘制箱线图的工具。就这样都...
R语言学习 – 线图绘制
线图 线图是反映趋势变化的一种方式，其输入数据一般也是一个矩阵。 单线图 假设有这么一个矩阵，第一列为转录起始位点及其上下游5 kb的区域，第二列为H3K27ac修饰在这些区域的丰度，想绘制一张线图展...