DISCOVAR的使用 Genomics

DISCOVAR的使用

1. DISCOVAR简介 DISCOVAR 是有 ALLPATHS-LG 软件开发团队做出来的软件。主要用于利用 PE 250bp 数据与参考基因组的比对结果,对基因组进行 Variants cal...
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将数据转换为正态分布 Bioinformatics

将数据转换为正态分布

1、对数变换 即将原始数据X的对数值作为新的分布数据: X’=lgX 当原始数据中有小值及零时,亦可取X’=lg(X+1) 还可根据需要选用X’=lg(X+k)或X’=lg(k-X) 对数变换常用于(...
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GATK使用方法详解(初步分析) Bioinformatics

GATK使用方法详解(初步分析)

这一步主要是对上面所得到的最终vcf中的结果进行一些初步的分析,比如计算这些变异位点在dbsnp中的比例、Ti/Tv的比例、每个样本中的snp数量……。此外,还可以对变异位点的同义/非同义突变进行统计...
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