测序数据分析工具大全

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所属分类:Bioinformatics

目前有不少用于基因组装配和比对的程序和算法,但是该选哪一个呢?许多序列分析的专家认为,这取决于基因组的大小、读取有多长,以及采用的是哪种测序技术。通常,软件还需要优化,以满足每个实验室的独特需求。在此,我们整理了这些数据分析工具的信息,供大家参考。

Alignment与mapping:

BLAT: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start

Bowtie: http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml

CABOG: http://sourceforge.net/apps/mediawiki/wgs-assembler/index.php?title=Main_Page

CLUSTALW: http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2

LAGAN & Shuffle-LAGAN: http://lagan.stanford.edu/lagan_web/index.shtml

MUGSY:
http://mugsy.sourceforge.net

MUMmer: http://mummer.sourceforge.net

 

Assembly:

SOAPdenovo:
http://soap.genomics.org.cn/soapdenovo.html

Abyss 1.3.0: http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss/releases/1.3.0

Arachne & AllPath: https://www.broadinstitute.org/scientific-community/science/programs/genome-sequencing-and-analysis/computational-rd/computational-

TotalReCaller: http://bioinformatics.nyu.edu/wordpress/projects/totalrecaller

Velvet: http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet

VISTA tools,包括AVID: http://pipeline.lbl.gov/run5details.shtml

ABI数据分析软件:http://www.appliedbiosystems.com/absite/us/en/home/applications-technologies/solid-next-generation-sequencing/ngs-data-analysis-software.html

Illumina的软件:http://www.illumina.com/software.ilmn

ION PGM测序仪的社区:http://www.iontorrent.com/forum/

 

另外附上一些精选的数据分析工具:

名称 链接 评论
基因组重测序
Bwa http://bio-bwa.sourceforge.net 比对工具
Dindel http://sites.google.com/site/keesalbers/soft/dindel 小的插入/缺失发现
Erds http://www.duke.edu/~mz34/erds.htm 拷贝数变异发现
Pindel http://www.ebi.ac.uk/~kye/pindel/ 小的插入/缺失发现
Samtools http://samtools.sourceforge.net 操控比对后数据的工具
Sequence Variant Analyzer http://www.svaproject.org 在基因组背景下显示变异
Chip-Seq
Findpeaks http://vancouvershortr.sourceforge.net
RNA-Seq
Cufflinks http://cufflinks.cbcb.umd.edu 测定转录本丰度
Tophat http://tophat.cbcb.umd.edu 剪接点定位
De Novo 拼接
Oases http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/oases/ 根据转录组数据拼接
基因组浏览器
Integrated Genome Browser http://www.bioviz.org/igb/
Integrative Genomics Viewer http://www.broadinstitute.org/software/igv/
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    • avatar doctor125 1

      不错的东东 :evil:

      • avatar yqdhgq119 0

        可否请教一个问题,对SOLID数据的测序的拼接最好使用哪个软件?谢谢!