pearson相关系数是最经常使用的相关系数,一般情况下我们会毫不犹豫的选择它,而大部分情况下都没有考虑到数据是否符合它的假设,如下所示: 1 两个变量间有线性关系 2 变量是连续变量 3 变量均符合...
Bioinformatics线性回归的假设和pearson相关系数的假设
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Bioinformatics
Bioinformatics使用R计算相关系数
使用R计算相关系数的函数为： cor.test(X,Y,method="") method可以为"spearman","pearson" and "kendall",分别对应三种相关系数的计算和检验。...
Evolution估计进化速率
估计进化速率的几种软件： 1 Beast 它使用MCMC的方法进行进化树的构建和一系列参数的估计，而且给出可信度区间。 它的结果比较准确，但是要得到最终的好的结果需要大量的尝试，修改各种参数使得结果最...
Bioinformatics原核生物转录组研究方法
在原核生物中，mRNA 只占全部 RNA 的 1-5%，其余绝大部分是 ribosomal RNA，因此若要测序 mRNA 首先必须先将 mRNA 纯化出来，然而，原核生物并不像真核生物 mRNA 具...
Bioinformatics以RNA为测序模板的新技术:FRT-seq
目前发展成熟而被应用在许多研究的第二代测序技术中，被测序的library 大多为DNA而非RNA(测序原理请参照本部落格先前文章)，在现有的mRNA-seq技术中，需先将RNA反转录为DNA，制备出D...
BioinformaticsStrand Specific mRNA sequencing 之重要性与分析
研究生物基因转录体的方法有许多种，而使用次代定序仪系统进行转录体定序是目前相当热门的一种方式，科学家们使用 RNA-seq 分析转录体表现主要期望能够获得三种重要信息： 1. 了解整个转录体构造、sp...
GlossaryQ-PCR(Real-time PCR)
实时聚合酶链锁反应(Real-time polymerase chain reaction，简称为Real-time PCR)，又称定量实时聚合酶链锁反应(Quantitative real time...
Genomics不同长度mate-pair在组装上之差异
有时候会遇到使用者询问，为什么做不同长度的mate-pair呢? 这是因为contig间的距离不同，为了将这些不同距离的contig 组装起来，得到更完整的组装信息，所以才需要使用不同长度的mate-...
Genomics测序深度越深就能組出完整的genome么？
当我们在进行 de novo 测序时，一般而言，测序深度越深 (测序量越多)组装效果会越好，就如同统计学中所述，抽样的样本数越多，其分布会越接近母体之分布。 不过，是不是只要一直增加测序量就能完整组出...
GenomicsGC rich的区域不易测序的原因
GC rich的区域不易测序的原因，主要发生于以下两个阶段: 1. PCR 阶段 由于GC rich的区域，其氢键数较多，稳定性较强，因此在PCR时，GC rich的区域较不易分开，因此不容易被扩增。...