使用R计算相关系数

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所属分类:Bioinformatics

使用R计算相关系数的函数为:

cor.test(X,Y,method="")

method可以为"spearman","pearson" and "kendall",分别对应三种相关系数的计算和检验。

1 pearson相关系数

> n <- 10
> x <- rnorm(n)
> y <- rnorm(n)
> cor(x,y)
[1] -0.4132864
> cor.test(x,y)
Pearson's product-moment correlation
data: x and y
t = -1.2837, df = 8, p-value = 0.2352
alternative hypothesis: true correlation is not equal to 0
95 percent confidence interval:
-0.8275666 0.2924366
sample estimates:
cor
-0.4132864

上面给出了相关系数的可信度区间和P-value

2 spearman相关系数
kendall相关系数

同上,只要把method改成spearman和kendall

参考:http://zoonek2.free.fr/UNIX/48_R/09.html

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