1、创建 BioProject 号和 BioSample 号 对某一个物种进行了基因组测序，则申请 BioProject 和 BioSample 号各一个。 2、使用 tbl2asn 准备后缀为 .s...
上传基因组数据到NCBI
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GATK使用方法详解
一、使用GATK前须知事项： （1）对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据，而且全部是基于illumina数据格式，目前还没有提供其他格式文件（如Ion Torrent）或者实验...
Real Time PCR 检测方法原理
嵌合荧光染料检测法 (SYBR Green I) SYBR Green I是荧光定量PCR最常用的DNA结合染料，能与双链DNA非特异性结合，结合后发出荧光，可以通过检测反应体系中的SYBR Gree...
基因投错票，导致肿瘤
说起肿瘤，大家都知道肿瘤是一种致命的疾病，是失控的细胞异常增生。同时大家又对肿瘤有许多的神秘感。 今天，我就用一种新的视角来试着解释一下“肿瘤的发生的原因”。希望能给大家揭开“肿瘤发生机制”头上神秘面...
Illumina Hiseq 2500型和2000型测序仪的比较
仪器升级： Hiseq 2500是Hiseq 2000的升级版。 其主要的改进点是：Hiseq 2500可以在快速、高通量两种模式之间切换。高通量模式就是原来的Hiseq2000的每张Flowcell...
GATK使用方法详解（变异检测）
1. Variant Calling GATK在这一步里面提供了两个工具进行变异检测——UnifiedGenotyper和HaplotypeCaller。其中HaplotypeCaller一直还在开发...
GATK使用方法详解（初步分析）
这一步主要是对上面所得到的最终vcf中的结果进行一些初步的分析，比如计算这些变异位点在dbsnp中的比例、Ti/Tv的比例、每个样本中的snp数量……。此外，还可以对变异位点的同义/非同义突变进行统计...
GATK使用方法详解（相关参数和参考文件说明）
VariantRecalibrator参数详解 VariantRecalibrator -badLodCutoff 当LOD得分低于这个值的时候，就用于构建高斯混合模型的bad variants。默认...
GATK使用方法详解（实例：对INDEL结果进行校正）
对INDEL结果进行校正，与SNP基本一致，只不过INDEL需要使用的known resource不一样 第一步： 同SNP 多选择一些注释类型，但是不用选择tranche值,tranche值是专门为...
GATK使用方法详解（实例：对SNP结果进行校正）
第一步： java -jar GenomeAnalysisTK.jar -R hg19.fa --maxGaussians 4 -numBad 10000 (这个参数在最新的GATK版本里面已经没有了...