推荐一个简单高效的图形化热图绘制工具

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热图(heatmap)绘制有很多方法,最多就是R了吧,Excel,MATLAB 也很常见,各种工具琳琅满目,这里我向大家推荐一款非常简单高效的热图绘制工具,更重要的是,它完全不需要命令行!!,完全满足了编程小白,编程大神,等等等等,对heatmap的所有基本需求。它内设了许多色系,直接选择最喜欢的就好,支持聚类,可以方便改动x轴和y轴标题的设置.....

先上图

推荐一个简单高效的图形化热图绘制工具

 

数据导入支持excel,只要拖动鼠标,选择数值数据区域即可,默认是不显示X轴和Y轴标题的,如果需要,可以指定哪一行是x轴,哪一列是y轴。

技巧1:导入数据前,先点击DEMO,选择好喜欢的色系,这样导入数据后,就直接以该色系画图了

然后,小伙伴们就可以自由的修改这个heatmap了,包括,X轴,Y轴标题角度,字体,整个图片旋转,边距等等,基本的需求都能满足。每次修改后,都需要点击REFRESH进行刷新。

技巧2:如果绘制热图的数据跨度比较大,比如从1到100都有,那么强烈推荐先对数据做归一化,这个可以放心,软件能自动帮你完成,只需要两步,

1). 选择option的statistic按钮推荐一个简单高效的图形化热图绘制工具

 

然后在这里选择log归一化的方式

推荐一个简单高效的图形化热图绘制工具

 

2)点击Bar面板,选择“Auto Fill”按钮,再点ok,然后refresh一下就好

推荐一个简单高效的图形化热图绘制工具

 

这个软件还可以做聚类。你可以根据需要选择对哪个轴做聚类,这个就不讲了,只要选择参数面板上的Clustering复选框就可以,简单明了。

 

导出图片,右键点击图片,你会看到导出选项,也是很简单,支持png,jpg,tiff,以及3种dpi,足够满足paper发表的质量。

 

这个工具还有一个小视频,可以去看下,如果实在不会的话。。。

http://hemi.biocuckoo.org/faq.php

 

 

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评论:43   其中:访客  43   博主  0
    • 爪爪 3

      好熟悉的GPS!

        • Bio 3

          @ 爪爪 哈哈

          • DaCaiNiao 0

            @ 爪爪 嗯,我们组做的,好几年前就想做这个了,主要是我本人不喜欢R,为做一张图还要装几百兆的东西不值得。

            • zuxuetongboshi 1

              @ 爪爪 资料不错 推荐下
              http://d.dxy.cn/detail/7588424

            • chenghan1008 0

              赞赞

              • rexzhw 0

                • lango 0

                  那么问题来了,哪里有这软件呢?

                    • Bio 3

                      @ lango 下载请见这里
                      http://hemi.biocuckoo.org/down.php

                        • zuxuetongboshi 1

                          @ Bio 这套资料不错
                          http://d.dxy.cn/detail/7588424

                      • Eric 1

                        进行层次聚类的时候总是提示“生成热图错误,确认数据,重试”,数据格式和视频上是一样的,要怎么处理?谢谢!

                          • Bio 3

                            @ Eric 要不把数据发给我下,我来试一下?我们很希望有意见和bug提交,帮助我们改进和更方便大家使用
                            我的邮箱是:ybwang@hust.edu.cn

                              • Eric 1

                                @ Bio 已经给您发了数据,麻烦了

                                  • sirius 1

                                    @ Eric 您好,感谢您的反馈。该问题是由一个bug造成的,请下载最新版本重新安装或者下载
                                    http://hemi.biocuckoo.org/updates/1.0.0/update.zip
                                    并解压至HemI安装目录以覆盖三个同名文件。更新包体积约3.5M,下载较快,推荐使用。
                                    再次感谢您的反馈让我们找到这个bug。如果还有任何问题,欢迎来信。

                                      • Eric 1

                                        @ sirius 谢谢!可以了!

                                • yun 0

                                  刚好想用

                                  • xw 0

                                    您好,请问如何加入标题?谢谢!自己弄了很久都不行

                                      • Bio 3

                                        @ xw 暂时还不行,急用的话用ps修一下吧。这个建议很好,我们会更新并加上的,谢谢

                                      • 猩猩 0

                                        你好!为什么我的数据导进去refresh之后一直都实现显示loading?一开始是用了12个样品40000个基因。后来觉得是因为太大了选择其中6000个基因6个样品来做,结果还是这样。一直loading…… 真实是因为我的数据太多了吗?这种情况是不是需要很长的时间。我试过两个小时还是这样。

                                          • sirius 1

                                            @ 猩猩 你可能是选择了聚类吧,聚类的话内存消耗是很大的,可以直接用命令行启动程序,进入程序安装目录后按住shift右击空白处,选择在此处打开命令行,敲入命令:
                                            java -jar -Xmx1024m HemI_1.0.jar
                                            其中,-Xmx1024m为指定为程序分配多少内存,此处为1GB即1024MB。如果是64位系统基本没有内存限制,32位版理论限制为约4G(少于),实际与装机内存和系统已占用内存有关。
                                            感谢反馈,我们会优化聚类算法减少内存占用的。如果方便,可以把数据给我试着帮你算一下,邮箱dengwankun@hust.edu.cn[img]http://hemi.biocuckoo.org/images/1.png[/img][img]http://hemi.biocuckoo.org/images/2.png[/img]

                                          • danae 1

                                            你好!我在你给的网站上下载的软件,打开后显示软件运行错误,无法进行任何操作。

                                              • Bio 3

                                                @ danae 您的操作系统是什么,32位还是64位的?

                                                  • danae 1

                                                    @ Bio 谢谢回复!重装一遍后问题解决了。我想再请教一下, Demo都是固定的行数数,我怎样可以根据我的需要修改行数呢?非常感谢。

                                                      • Bio 3

                                                        @ danae 你的数据有多少行就能画多少行,与demo无关,demo只是提供了预设的色系,你可以选择好某个喜欢的demo,然后load数据即可

                                                  • zhangly 1

                                                    你好!我下载了HemI 1.0,但是为什么load data的时候总是load不进去,一按refresh就说something went wrong when generating heatmap,让重试,但是重试后依然这样?

                                                      • Bio 3

                                                        @ zhangly 不介意的话,把数据发给我,我看看是什么问题
                                                        ybwang@hust.edu.cn
                                                        dengwankun@hust.edu.cn

                                                          • zhangly 1

                                                            @ Bio 谢谢您的回复,原来我下的是高分辨率64那个版本,后来换了普通64就没有上述问题了,谢谢!P.S.软件非常好用!

                                                        • Lin 0

                                                          您好: 请问如果我将基因以k-means 分成三群,我能分别输出此三群各自含有的基因吗

                                                          • xfdywy 0

                                                            您好,我安装hemi之后,不管是用自己的数据,还是点dome,都一直提示“some thing went wrong while generating heatmap,please check your data and try again”,不知道是什么原因呢?我下载的是官网上的最新版呀?

                                                              • Bio 3

                                                                @ xfdywy 可能你用的是高分辨率显示屏,目前hemi在这种环境下存在些问题,我们正在改善

                                                              • wayne 0

                                                                some thing went wrong while generating heatmap,please check your data and try again 一直是这个问题 如何解决呢?

                                                                • 深林小语2 1

                                                                  请问选择了数据,finish点击后,没有任何结果图出现呢

                                                                  • 深林小语2 1

                                                                    是我load的数据不正确吗?可是看到官网上的操作视频也是选择数据然后finish就可以了呀

                                                                      • Bio 3

                                                                        @ 深林小语2 检查下数据格式,看看有没有问题

                                                                          • 深林小语2 0

                                                                            @ Bio 数据格式就是txt呀,要注意什么呢

                                                                              • Bio 3

                                                                                @ 深林小语2 我指的不是文件格式,是你的数据格式,你可以把数据放到excel里面看看,然后通过excel导入。希望对你有帮助

                                                                          • 路人甲 0

                                                                            很好的软件

                                                                            • 小贝· 1

                                                                              你好 为啥横轴名称添加不上去吗

                                                                                • sapphire 1

                                                                                  @ 小贝· 我也是,横轴名称没有

                                                                                    • 小贝 1

                                                                                      @ sapphire @sapphire : 你把横轴坐标名称手动输一遍应该就可以了

                                                                                        • sapphire 1

                                                                                          @ 小贝 我发现是导入的表格要顶格,上面和左边都要没有空格,这样问题就解决了

                                                                                          • Bio 3

                                                                                            @ 小贝 你们说的横轴名称是指的标题?还是坐标轴上面的名称?如果是标题,这个版本暂时还没有添加,如果是坐标轴名称,是可以有的,如果你的数据里有名称,就可以显示

                                                                                              • 小左 0

                                                                                                @ Bio 您好,软件很好用,想问下,那个色带能变换位置吗?谢谢