RIdeogram:画染色体图

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由小丫画图开始并推动,产生了一个CRAN包——RIdeogram

今天已由CRAN审核通过,一行命令搞定安装:

install.packages("RIdeogram")

【需求描述】

我要画差异表达基因在染色体上的分布(RNA-seq)

  • 开放染色质在染色体上的分布(DNase/ATAC-seq)
  • CTCF在染色体上的结合位点(ChIP-seq)
  • 突变位点在染色体上的分布(WGS)
  • DNA甲基化在染色体上的分布(WGBS)

找工具来解决:

perl工具circos

circos的图最美,但,我要直的,不要弯的

http://circos.ca/

R包chromoMap

chromoMap美,可惜只支持人这一个物种

其余的R包,都达不到我想要的美好的效果

R包IdeoViz

https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/IdeoViz/inst/doc/Vignette.pdf

R包karyploteR

https://bioconductor.org/packages/3.7/bioc/vignettes/karyoploteR/inst/doc/karyoploteR.html

R包ggbio

http://www.tengfei.name/ggbio/


找到一个在线画美的、直的、染色体的工具

在线工具Idiographica

出自Millerdelaney, S. F. C., Bryan, K., Das, S., Mckiernan, R. C., Bray, I. M., & Reynolds, J. P., et al. (2015). Differential dna methylation profiles of coding and non-coding genes define hippocampal sclerosis in human temporal lobe epilepsy. Brain, 138(Pt 3), 616-631.影响因子:10.292

http://rtools.cbrc.jp/idiographica/

可惜只支持human, mouse, rat and fruit fly这5个物种

RIdeogram 的解决方案

有小伙伴跟小丫一样,有的对现有的R包画图效果不满意,有的不想花时间点鼠标调参数,还有位小伙伴是研究水稻的,急需不限物种的工具来画图。于是,去年6月,我们众筹了画这个图的代码。画图达人从头写代码,画出了下图:

经过Hao同学和同伴半年的努力,在Y叔的悉心指导下,RIdeogram包终于写成,今天被CRAN接收。

用法看链接里的使用手册:

https://cran.r-project.org/web/packages/RIdeogram/vignettes/RIdeogram.html

功能更丰富:

据说有的小伙伴最喜欢这种萌萌水桶腰版

哥俩好版

我最喜欢这水果味儿的染色体

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