利用BioJava获得DNA,RNA或蛋白质的成分

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BioJava中,成分表(alphabets)是标记(symbol)的集合。(例如,DNA就是一种成分表,其中a,c,g,t是标记,DNA是这四种标记的集合。相似地,RNA由a,c,g,u四种标记组成,蛋白质由二十种氨基酸标记组成。 --译者注)。普通的生物成分表(DNA,RNA,蛋白质等等)由BioJava的AlphabetManager负责初始化和注册,可以通过名字进行访问。DNA,RNA,蛋白质成分表也可以分别通过DNATools,RNATools和ProteinTools的静态方法方便地访问。这两种方法在下面的例子中都有使用:


import org.biojava.bio.symbol.*;

import java.util.*;

import org.biojava.bio.seq.*;

public class AlphabetExample{

public static void main(String[] args){

Alphabet dna, rna, prot;

// 使用名字来创建DNA成分表

dna = AlphabetManager.alphabetForName("DNA");

// 使用名字来创建RNA成分表

rna = AlphabetManager.alphabetForName("RNA");

// 使用名字来创建蛋白质成分表

prot = AlphabetManager.alphabetForName("PROTEIN");

// 创建包含*终止标记的蛋白质成分表

prot = AlphabetManager.alphabetForName("PROTEIN-TERM");

// 从Tools类中创建这些成分表

dna = DNATools.getDNA();

rna = RNATools.getRNA();

prot = ProteinTools.getAlphabet();

// 或创建含有终止标记的蛋白质成分表( 注意getAlphabet()和getTAlphabet() )

prot = ProteinTools.getTAlphabet();

}

}

 

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