WES(2)snp-calling

准备文件:下载必备的软件和参考基因组数据

1、软件

ps:还有samtools,freebayes和varscan软件,我以前下载过,这次就没有再弄了,但是下面会用到

2、参考基因组

3、参考 突变数据

第一步,下载数据

第二步,bwa比对

第三步,sam转为bam,并sort好

第四步,标记PCR重复,并去除

第五步,产生需要重排的坐标记录

第六步,根据重排记录文件把比对结果重新比对

第七步,把最终的bam文件转为mpileup文件

第八步,用bcftools 来call snp

第九步,用freebayes来call snp

第十步,用gatk     来call snp

第十一步,用varscan来call snp

下面的图片是按照顺序来的,我就不整理了

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