Transcriptomics转录组入门(8):富集分析 我们统一选择p<0.05而且abs(logFC)大于1的基因为显著差异表达基因集,对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析。 然后把表达矩阵和分组信息分别作出cls和gct文件,导入... 02月26日31,7772RNA-seq 基因集富集分析 阅读全文
Genomics本体论和功能分析 为什么需要本体论 作为一位大学统计棉花表皮毛的苦逼生物狗,深刻体会什么叫做经验,也就是人类模式识别能力的强大和不精确性。当时的导师教我如何根据表皮毛的长短和浓密进行基因型的判定,但是我一直纠结长和短,... 02月25日1,661评论功能富集分析 基因集富集分析 阅读全文
Transcriptomics基因表达分析(下) 本系列教程包括: 基因表达分析(上) 基因表达分析(中) 基因表达分析(下) 回顾 首先对基因表达分析(中)做一个简单的回顾 研究基因表达的有如下工具:RNA-Seq,microarra... 02月26日2,283评论RNA-seq 基因集富集分析 阅读全文
TranscriptomicsGSEA简介 基因集富集分析 (Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)的基本思想是使用预定义的基因集(通常来自功能注释或先前实验的结果),将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序,然... 01月27日10,773评论GSEA 基因集富集分析 阅读全文