我们统一选择p<0.05而且abs(logFC)大于1的基因为显著差异表达基因集，对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析。 然后把表达矩阵和分组信息分别作出cls和gct文件，导入...
转录组入门（8）：富集分析
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本体论和功能分析
为什么需要本体论 作为一位大学统计棉花表皮毛的苦逼生物狗，深刻体会什么叫做经验，也就是人类模式识别能力的强大和不精确性。当时的导师教我如何根据表皮毛的长短和浓密进行基因型的判定，但是我一直纠结长和短，...
基因表达分析（下）
本系列教程包括： 基因表达分析（上） 基因表达分析（中） 基因表达分析（下） 回顾 首先对基因表达分析（中）做一个简单的回顾 研究基因表达的有如下工具：RNA-Seq，microarra...
GSEA简介
基因集富集分析 (Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)的基本思想是使用预定义的基因集（通常来自功能注释或先前实验的结果），将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序，然...