1990年,著名的人类基因组测序计划(Human Genome Project,HGP)正式启动,从此揭开了基因组时代的序幕。截至2006年8月,美国国立生物技术信息中心(NCBI,National ...
Nature年度技术:基因组编辑
时近岁末,各大杂志接连进行了年终盘点,上周出版的《Nature》杂志也对2011年进行了回顾:365 days: Nature's 10 ,评点了2011年的科技进展,科技政策以及重要人物。其中《Na...
乌骨鸡帮助我们了解家养动物的快速进化
人类一直都对家养动物的特征感兴趣,并学会了如何通过选育将这些特征继续下去。这导致了家养动物的基因快速进化。现在,人们可以研究这种进化过程,并用它来解释基本的进化学原理。今天,一项有关乌骨鸡的研究成果被...
BreakDancer的安装与使用
安装BreakDancer总共需要完成以下三个软件的安装工作 Perl Samtool BreakDancer Software 安装perl语言 (一般linux系统已经自带了)以及相关的packa...
几个有趣的R代码
此图代表我的心 [code lang="R"] n=50000; r=0.7;r_e=(1-r*r)^.5; X=rnorm(n); Y=X*r+r_e*rnorm(n); Y=ifelse(X>...
Velvet使用方法及参数介绍
Velvet简单介绍: velvet是一款常用的基因组拼接软件,与soapdenovo一起常用于二代测序数据的处理,相对于soapdenovo拼接的完整性更好。他能同时支持fasta、fastq格式的...
用RAxML构建极大似然进化树
张金龙 中国科学院植物研究所,jinlongzhang01@gmail.com RAxML 是用极大似然法建立进化树的软件之一,可以处理超大规模的序列数据,包括 上千至上万个物种,几百至...
Sashimi-plot:isoform表达画图工具
以下是官方对Sashimi-plot的简单介绍: Sashimi-plot is a utility for automatically producing publication-quality p...
Bowtie使用介绍
Bowtie是一个超级快速的,较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具。它在拼接35碱基长度的序列时,可以达到每小时2.5亿次的拼接速度。Bowtie并不是一个简单的拼接工具,它不同于Blast等。...
第二代测序数据处理工具软件汇总
Integrated solutions * CLCbio Genomics Workbench – de novo and reference assembly of Sanger, Roche F...