获得RNA-seq的原始数据后，首先需要将所有测序读段通过序列映射（mapping）定位到参考基因组上，这是所有后续处理和分析的基础.在读段定位之前，有时还需要根据测序数据情况对其做某些基本的预处理....

iAssembler利用MIRA以及CAP3软件，将454以及sanger测序产生的转录组数据(EST)拼接成基因组。 官方介绍： iAssembler is a standalone package...

在做基因组拼接的时候，有时候已经获得了一堆contig或者scaffold，然后需要利用另外的一个pair-end或者mate-pair文库进一步做scaffolding的话。用什么软件好呢？ 最近使...

RNA-seq是透过次世代定序的技术来侦测基因表现量的方法，在衡量基因表现量时，若是单纯以map到的read数来计算基因的表现量，在统计上是一件相当不合理事，因为在随机抽样的情况下，序列较长的基因被抽...

之前在本博客上发表一篇利用sed 将fastq转换成fasta的文章，这种方法利用linux系统自带的程序sed进行处理，速度很快，但是后来发现当fastq中某一reads的质量值以‘@’开头的话就会...

Glossary terms in genome assembly RNA sequencing (RNA-seq). An experimental protocol that uses next-...

新一代测序技术组装拼接软件velvet使用简介 目前用于新一代的测序的主要仪器有Illumina/Solexa的Genome Analyzer、ABI的Solid和Roche的454，它们都能高通量的...

一、软件介绍 Glimmer是一款寻找原核生物基因的预测软件，从1.0版本到现在的3.0版本，预测的准确度和速度都已经提高了很多，并且是一个免费开源的软件必须在Linux或者Mac OSX系统上才能使...

 By Seth Axen (11/18/08) Explanation: A pseudogene is a genetic sequence which is nonfunctional. Wha...

SeqIOTools类包含了读取GenBank,SwissProt,EMBL文件的方法。因为文件中包含了不止一条序列，所以SeqIOTools返回一个序列遍历器（SequenceIterator)能够...