Script

BioJava中如何使用非标准的密码子表

在一般的翻译例子中我们使用RNATools中的方法translate()就能够很容易的进行翻译。这对于使用一般的通用翻译表来说非常合适。但有的时候,你可能使用一些诸如叶绿体翻译表等偏僻的翻译表。幸运的...
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Bioinformatics

测序峰图的基本知识

  测序公司发送的测序结果一般有一个峰图文件和一个序列文件,峰图文件为Abi格式,用chromas软件(网上可下载)打开. 四种颜色的波形代表四种碱基的信号强度; 正常的峰图,波峰与波谷清晰...
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Genomics

GBrowse之频率直方图

GBrowse之频率直方图,有称为频率分布图,Generating Feature Frequency Histograms,用以展示这些统计信息,可以表意以下信息: 不同区段内基因组Gene或者SN...
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Genomics

gbrowse图形显示配置

Gbrowse图谱可以分为三部分,overview,region,details,每一部分都可以显示0到多个的映描(track),对于trace的定义,可以分为以下几部分:  track显示的内容,显...
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Glossary

决策与风险(统计推断与检验)

/*读书笔记,白话统计系列,力图用普通话讲述统计学的基本概念。这里的题目是“决策与风险”,讲的就是两类错误(type I and type II errors)。以下改编至维恩堡《数理统计初级教程》(...
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Glossary

引物设计与使用常见问题与解答集锦

1.引物是如何合成的? 目前引物合成基本采用固相亚磷酰胺三酯法。RMA合成仪有很多种, 主要都是由ABI/PE 公司生产,无论采用什么机器合成,合成的原理都相同,主要差别在于合成产率的高低,试剂消耗量...
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