利用BioJava将单个密码子翻译成氨基酸

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通常的翻译的例子展示了如何使用RNATools将RNA标志链翻译成蛋白质,但是具体细节隐藏在translate()方法中。如果你想将单个的密码子翻译成氨基酸,那么你就要明白具体的细节了。

实际上有很多方法实现上述目的,这里我仅仅展示其中的一种。


import org.biojava.bio.seq.*;
import org.biojava.bio.symbol.*;

public static void main(String[] args){
// 创建一个以密码子为标志的复合字母表
Alphabet a = AlphabletManager.alphabetForName("(RNA x RNA x RNA)");
// 获得一个翻译表
TranslationTable table = RNATools.getGeneticCode(TranslationTable.UNIVERSAL);

try{
// 创建一个密码子
SymbolList codon = RNATools.createRNA("UUG");

// 得到一个密码子标志
Symbol sym = a.getSymbol(codon.toList());

// 翻译成氨基酸
Symbol aminoAcid = table.translate(sym);

// 证明得到的标志是氨基酸
ProteinTools.getAlphabet().validate(aminoAcid);
}
catch(IllegalSymbolException ex){
ex.printStackTrace();
}
}
}

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