Transcriptomics

通俗易懂WGCNA

引文 每当我使用一个新的软件/算法时(相较于组内之前的研究),导师总喜欢问我背后的原理。她可以不懂,但我必须给她讲明白。 想给一个实验背景的人,讲明白一个算法的内在逻辑,属实不易。光是一颗聚类树,我就...
阅读全文
Transcriptomics

转录组edgeR分析差异基因

edgeR是一个研究重复计数数据差异表达的Bioconductor软件包。一个过度离散的泊松模型被用于说明生物学可变性和技术可变性。经验贝叶斯方法被用于减轻跨转录本的过度离散程度,改进了推断的可靠性。...
阅读全文
Transcriptomics

RNA-Seq分析新工具

利用RNA-Seq技术来分析转录组现在是一种很普遍的方法,在我读PhD期间分析过细菌的转录组数据。做差异表达分析的基本流程是:做质量控制->利用bwa map reads到基因组上->计算...
阅读全文