MTD（http://mtd.cbi.ac.cn）是今年初发表在Brings in Bioinformatics上的哺乳动物动态转录本数据库（http://bib.oxfordjournals.org...
RNA-Seq中样品间的标准化
In RNA-Seq, 2 != 2: Between-sample normalization In this post I will discuss between-sample normaliz...
转录组测序多少生物重复合适？
2016年英国邓迪大学的Geoffrey J Barton教授在RNA发表一篇文章专门评估这一问题。作者对野生型和snf2突变型酵母样品分别测序了48个生物学重复；质控后，野生型样品保留42个生物学重...
关于转录组比对STAR软件使用
因为不连续的转录本结构，相对短的片段长度，和测序技术持续增加的通量，高通量RNA-seq数据的准确比对是一个有挑战性且仍未解决的问题。当前可用的RNA-seq比对器遭受高比对错误率，低比对速度，片段长...
GSEA使用介绍
在前面的《GSEA简介》中，简单介绍GSEA，以及GSEA分析调用的后台数据库MsigDB。下面简单介绍GSEA的使用。 第一步、下载GSEA软件： 下载地址：http://software.broa...
GSEA简介
基因集富集分析 (Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)的基本思想是使用预定义的基因集（通常来自功能注释或先前实验的结果），将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序，然...
转录组 de novo流程–包括转录本完整注释
有网友咨询过对于没有参考基因组或者转录组的物种，如何做RNA-seq分析。我觉得这个问题太大了，而且我还真的对这个没有经验。但是我以前看到过一篇文献，里面提到过一个非常全面的转录组 de novo组装...
融合基因检测软件-soapfusion
开发单位：华大，SOAP系列软件套装！ 功能：检测合基因 优点：在现有的各种软件里面表现算是最好的 算法：是hash index，跟其它bwt算法不太一样 官网：http://soap.genomic...
RNA-seq软件更新
Tophat 首次被发表已经是6年前 Cufflinks也是五年前的事情了 Star的比对速度是tophat的50倍，hisat更是star的1.2倍。 stringTie的组装速度是cufflink...
用 GMAP/GSNAP软件进行RNA-seq的alignment
软件发表在：http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/26/7/873.abstract 软件的解说ppt ：http://www.mi.fu-...