首先对上次改好名称的fastq数据进行质控 # 以P2586-4为例 mkdir -p $wkd/qc cd $wkd/qc find $wkd/raw/P2586-4 -name '*R1*.gz'...
CellRanger单细胞转录组分析教程(二) 使用前注意事项
将SRA转为fastq 我们使用fastq-dump这款软件，它是sra-tool中的一个工具，使用conda安装即可 conda install -c bioconda sra-tools 关于这个...
CellRanger单细胞转录组分析教程(一) 数据下载
数据来自2018年9月的NC文章Acquired cancer resistance to combination immunotherapy from transcriptional loss of...
跟着官网学习单细胞Monocle3
前言 Monocle的官网在： 版本2：https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle-release/docs/#installing-monocle 版本3...
单细胞测序中如何对低质量细胞进行质控检验
1 低质量细胞的影响 细胞破坏后，可能会导致线粒体或核RNAs占比升高（就是上面解释的大量细胞质中mRNA流失，而线粒体或核RNAs含量基本不变），很有可能会根据这个结果形成自己的一个个cluster...
single cell单细胞测序分析教程
1 前言 依旧是我的传统：不🙅♀️翻译 并结合自己的知识尝试加入自己的理解 这次的官方教程主要介绍使用简单数据集（Lun et al. 2017）来走scRNA的分析流程。这个数据集中包含2个96孔...
单细胞转录组数据校正批次效应实战（上）
什么是批次效应？ 大型的单细胞测序项目一般都会产生许多细胞，这些样本制备过程很难保持时间一致、试剂一致，另外上机测序的时候也不一定在同一个测序仪上 具体可以看这篇文章：https://www.natu...
单细胞转录组数据校正批次效应实战（中）
第二个数据--CEL-seq2, GSE85241 Muraro et al. (2016) 利用CEL-seq2技术并结合UMI、ERCC得到的 https://www.ncbi.nlm.nih.g...
单细胞转录组数据校正批次效应实战（下）
三组不同数据的混合 我们可以从每个数据集（也就是每个批次）中挑选前1000个生物学差异最大的基因 还记得之前是如何得到每个数据集的HVGs吗？主要利用trendVar、decomposeVar，另外存...
单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）
主编评语这篇文章最好的地方不只在于推荐了工具，提供了一套分析流程，更在于详细介绍了有哪些方法可用、什么时候用哪些方法和有什么注意事项。这也是我们易生信培训过程中广泛讨论的问题。 Abstract 单细...