1. tRNAscan-SE 简介 tRNAscan-SE 能在基因组水平上进行 tRNA 扫描。该软件实际上是一个 perl 脚本，整合了 tRNAscan、 EufindRNA 和 Cove 这 ...
蛋白质定量-Maxquant软件输出结果说明
之前小编在蛋白质定量—MaxQuant软件的使用这篇文章中分享了Maxquant软件的使用方法。分析完成后会产生很多的结果文件，第一次使用的同学可能会很困惑，这里再给大家介绍一下如何查看其结果文件。 ...
蛋白质定量—MaxQuant软件的使用
简介 MaxQuant是基于质谱(Ms)的蛋白质组学数据分析最常用的平台之一，目前认可度相对较高，可针对多种质谱数据。拥有自己的肽段搜索引擎- Andromeda。对于碰撞诱导离解(CID)、高能碰撞...
中科院北京基因组研究所研究生招生调剂信息
课题组简介： 中科院基因组所章张研究员实验室主要从事生物信息学与计算生物学方面研究，目前已经The ISME Journal, Nucleic Acids Research, Bioinformati...
使用 ICORN 进行基因组核苷酸的修正
1. ICORN 简介 ICORN (Iterative Correction Of Reference Nucleotides), 能通过将 reads 比对到基因组，从而修正 SNP 和 小于 3...
使用 Edena 进行基因组组装
1. 简介 Edena 是一个基于 overlaps–graph-based 的 de novo assembler。仅能很好地使用 Illumina 数据进行基因组组装。软件能使用 direct-r...
使用 CISA 进行多个 genome Assemblies 的整合
1. CISA 简介 CISA (Contig Integrator for Sequence Assembly). 主要用于细菌基因组（小基因组）的整合。该软件使用简单，算法较好。 CISA 软件官...
使用 L_RNA_scaffolder 进行转录组序列对基因组序列的 rescaffolding
1. L_RNA_scaffolder简介 L_RNA_scaffolder能利用长的转录子序列来辅助基因组的scaffolding拼接。这些长的转录子序列可以是454/sanger/Ion_Torr...
使用 musket 进行 reads correction
1. musket 简介 Musket is a an efficient multistage k-mer spectrum based corrector for illumina short r...
使用 SSPACE 进行 scaffoding
SSPACE 能利用 paired reads 的比对结果，将 contigs 或 scaffolds 连接成 scaffolds。其参考文献：Boetzer M, Henkel C V, Janse...