使用 Edena 进行基因组组装

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所属分类:Genomics

1. 简介

Edena 是一个基于 overlaps–graph-based 的 de novo assembler。仅能很好地使用 Illumina 数据进行基因组组装。软件能使用 direct-reverse (paired-ends) 和 reverse-direct (mate-pairs) 的 Illumina 数据。同时要求 reads 的长度必须一致,否则所有 reads 会从 3′ 端开始截短到最短的 reads 的长度。

2. Edena 下载和安装

$ wget http://www.genomic.ch/edena/EdenaV3.131028.tar.gz
$ tar zxf EdenaV3.131028.tar.gz -C /opt/biosoft
$ cd /opt/biosoft/EdenaV3.131028/
$ make
$ echo 'PATH=$PATH:/opt/biosoft/EdenaV3.131028/bin/' >> ~/.bashrc
$ source ~/.bashrc

3. Edena 的使用

软件直接使用 Edena 命令即可。包含两个步骤: overlapping 和 assembling。

3.1 overlapping

使用例子:

$ edena -nThreads 24 -DRpairs frag1_1.fq frag1_2.fq frag2_1.fq frag2_2.fq -RDpairs jump1_1.fq jump1_2.fq jump2_1.fq jump2_2.fq

最后的结果文件为 out.ovl

3.2 Assembling

使用例子:

$ edena -e out.ovl

最终的结果文件为 out_contigs.fasta 。

原文来自:http://www.chenlianfu.com/?p=2144

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