一般在基因组组装中，我们常用的拼接方法是，对测序得到的二代数据直接用soapdenovo等软件进行基因组组装。但是这些方法一般只是适用于单一的基因组序列。 最近做的一个课题是从植物混合测序的数据中（核...

在基因组学研究中，finish一个小的环形基因组，例如线粒体、叶绿体、质粒后，一般都会画一个全基因组的圈图，如下图： 最近我刚好在组装一个植物的细胞器，然后做了这个工作给大家推荐一个画圈图的工具OGD...

Homologous sequences. Orthologs and Paralogs are two types of homologous sequences. Orthology descri...

Regular readers are familiar with our explanation of de Bruijn graphs through the following steps - ...

A recent Genome Research paper describing an innovative approach for assembling large genomes from N...

1. 测序深度需要达到多少？ 当测序深度为6×时，对目标区域的覆盖度可达90%，深度为20×时，reads对外显子区域的覆盖已接近饱和。此时再提高测序深度，对覆盖度的贡献极小，但是能够增加检测SNPs...

摘要 在复杂的生物体中，基因的表达水平是通过转录因子和其它调控蛋白综合作用调控的结果，有些调控蛋白甚至能够决定细胞的命运，近来大量的研究也证实了这一观点。但也有研究表明基因组存在着广泛的转录事件，产生...

1.Orthomcl是用来干嘛的？ 我们都知道，我们在注释完一些基因组后，会拿到大量的蛋白，而这些蛋白，孤零零的放在那，你不觉得别扭吗？除了常规的pfam、interpro做完了，再做点什么呢？聚个类...

Velvet是大家所熟知的一款基于二代数据进行基因组组装的软件了，PLoB中也有多篇相关的文章来介绍velvet的安装与使用了。MetaVelvet是否听说过呢。MetaVelvet是一款基于二代数据...

进化树的应用越来越广，很多不同研究背景的人都非常了解进化树到底能告诉我们哪些信息。现在网上也有各种各样的文章和博客介绍如何构建进化树。PLoB中也有一些文章专门介绍如何构建进化树，例如： 1）MEGA...