SolexaQA:Illumina/Solexa测序Reads质量评估及分析软件

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所属分类:Bioinformatics
SolexaQA 是一个基于unix开发的perl脚本程序,用于Solexa 测序的Reads质量评估以及低质量Reads过滤。
  1. SolexaQA              从Fastq文件统计reads质量并可视化显示
  2. DynamicTrim     根据用户设定的测序质量阈值过滤低质量碱基
  3. LengthSort         根据用户设定的Reads长度过滤质量过滤后低于此长度的Reads

软件下载地址:http://sourceforge.net/projects/solexaqa/files/

相关论文:http://www.biomedcentral.com/1471-2105/11/485/abstract/

SolexaQA 使用过程中需要调用另外两个软件

matrix2png - creates png-formatted heat maps from text files of matrix-based data
	下载地址:http://www.bioinformatics.ubc.ca/matrix2png/

R - a statistics and graphing package
	下载地址: http://www.r-project.org/
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