GlossarySolexa与Hiseq测序技术中常见术语名词解释 第二代测序技术中Solexa以及它的升级版Hiseq,目前使用最多。为了帮助PLoB网友进一步了解Solexa相关的概念。与大家分享一篇网上看到的文章《Solexa测序技术中常见术语解释》,文章后面有... 12月21日7,386评论Hiseq Solexa 阅读全文
TranscriptomicsRNAseq测序reads定位 获得RNA-seq的原始数据后,首先需要将所有测序读段通过序列映射(mapping)定位到参考基因组上,这是所有后续处理和分析的基础.在读段定位之前,有时还需要根据测序数据情况对其做某些基本的预处理.... 11月26日5,357评论mRNA RNAseq 阅读全文
GenomicsSOAPdenovo拼接参数详解 1. kmer值 kmer值哪个比较好很难说,对不同的数据,用不同的kmer值会有很不同的结果。最好的办法就是测试不同的kmer,然后看结果的N50,找到N50最高的kmer。不过SOAPdenovo... 09月24日5,245评论assembly genome 阅读全文
Genomics合并454和Solexa拼接结果的contig 用454测序得到的序列用newbler拼接的效果最好,而用短序列拼接软件velvet拼接效果很差,所以不能将454的原始reads和Illumina产生的reads合到一起后用velvet进行拼接。在... 09月21日2,907评论454 assembly 阅读全文
BioinformaticsSolexaQA:Illumina/Solexa测序Reads质量评估及分析软件 SolexaQA 是一个基于unix开发的perl脚本程序,用于Solexa 测序的Reads质量评估以及低质量Reads过滤。 SolexaQA 从Fastq文件统计rea... 09月21日4,602评论perl reads 阅读全文