第二代测序技术中Solexa以及它的升级版Hiseq，目前使用最多。为了帮助PLoB网友进一步了解Solexa相关的概念。与大家分享一篇网上看到的文章《Solexa测序技术中常见术语解释》，文章后面有...
Glossary
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Transcriptomics
RNAseq测序reads定位
获得RNA-seq的原始数据后，首先需要将所有测序读段通过序列映射（mapping）定位到参考基因组上，这是所有后续处理和分析的基础.在读段定位之前，有时还需要根据测序数据情况对其做某些基本的预处理....
Genomics
SOAPdenovo拼接参数详解
1. kmer值 kmer值哪个比较好很难说，对不同的数据，用不同的kmer值会有很不同的结果。最好的办法就是测试不同的kmer，然后看结果的N50，找到N50最高的kmer。不过SOAPdenovo...
Genomics
合并454和Solexa拼接结果的contig
用454测序得到的序列用newbler拼接的效果最好，而用短序列拼接软件velvet拼接效果很差，所以不能将454的原始reads和Illumina产生的reads合到一起后用velvet进行拼接。在...
Bioinformatics
SolexaQA：Illumina/Solexa测序Reads质量评估及分析软件
SolexaQA 是一个基于unix开发的perl脚本程序，用于Solexa 测序的Reads质量评估以及低质量Reads过滤。 SolexaQA 从Fastq文件统计rea...