用ImageJ对条带进行定量分析

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所属分类:Bioinformatics

ImgaeJ是一款比较常用的科研图片分析软件,在之前已介绍过用它来进行细胞计数、不同颜色通道的荧光照片的融合和不规则区域面积的测定等(参见 拓展阅读部分)。

其实,它被广泛用于胶图条带的定量分析,如下图这篇文章就是用Image J分析western-blot条带灰度值(Band density)进行相对定量。

(Nature,2010)

下面就介绍下如何用ImageJ 进行条带的灰度分析。

首先,通过FileOpen打开要分析的胶图,如下图。

接下来通过 ImageType8-bit(如下图)将图片转为为8位的灰度图,即从黑到白有256(0~255)种灰色的黑白图片。

接下来,将胶图的灰色背景去掉,方法见下图。

然后用矩形选框工具框选一个条带或泳道(先选最宽的),然后通过Analyze /gels / select first lane(快捷键ctrl+1)为泳道编号,移动编好的选区复制出新选区,接着通过 Analyze / gels / select secondlane(快捷键ctrl+2)为其他泳道编号,方法见下图。

完成之后,通过analyze/ gels / plot lanes(快捷键 ctrl+3)(如下图)绘制条带的峰图。

接下来只需用魔棒工具(Wand tool)点击每个峰的中间区域即可逐一完成对峰面积的计算,计算的结果在Result 窗口显示,可通过File 导出为xls文件。最后用目标蛋白的面积值除以内参蛋白的面积值,即可得到相对表达量,进而可绘制柱状图。

如过把所有条带选中,看作一个水平的泳道也可以分析(如下图),不过计算峰面积时需要用直线工具链接峰的底部形成闭合的峰之后才能用魔棒工具获取峰面积,也并不省时。

参考文献

Carvajal-Vergara X, Sevilla A, D’Souza S L,et al. Patient-specific induced pluripotent stem-cell-derived models of LEOPARDsyndrome[J]. Nature, 2010, 465(7299): 808.

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