Bioinformatics基因组可视化工具GBrowse及其应用 唐碧霞 王彦青 陈旭 庞博 赵文明 (中国科学院北京基因组研究所,北京,100029) 摘 要 高通量测序技术的发展使得测序数据量大规模的增长,从而为研究人员的数据分析工作带来了 挑战。基因组可视化工... 08月29日8,886评论 阅读全文
BioinformaticsGBrowse访问数据制备 什么样的数据,数据制备为什么格式,保存为什么样的形式,GBrowse进行怎样的设置,基因组图谱上就可以展示出来了。 要展示什么样的数据? 基因组注释数据,比如contig的拼接关系、功能基因的注释、基... 08月09日2,504评论 阅读全文
BioinformaticsGBrowse安装记录 安装步骤 perl、mysql安装略过 apache安装 % cd httpd-2.x.xx % ./configure --prefix=$HOME/httpd/prefork --with-mpm... 08月09日2,6831 阅读全文
BioinformaticsGBrowse的介绍与安装 什么是GBrowse? The Generic Genome Browser (GBrowse) is a genome viewer. GBrowse是个开源的基因组浏览器; 是一个图形化展示基因组... 08月09日3,360评论 阅读全文
BioinformaticsGbrowse权限管理 或许你的数据没有发布,你只想部分人员访问你的Gbrowse,这就涉及到了权限管理,GBrowse提供了多种机制,你可以限制访问者的主机、IP地址、域名,或者只有通过用户名密码登陆后才可以访问。 Gbr... 07月28日1,323评论 阅读全文
GenomicsGbrowse SNV突变频率图绘制 基因组的某位置,会发生突变,或者说对于多个物种的个体进行测序的话,会发现许多位置不是稳定的只是某个碱基,而应该用频率表示,ACTG出现的频率,如果某个位置有出现两个以上碱基的可能性,我们就将这个位置称... 10月28日3,270评论 阅读全文
GenomicsGBrowse之频率直方图 GBrowse之频率直方图,有称为频率分布图,Generating Feature Frequency Histograms,用以展示这些统计信息,可以表意以下信息: 不同区段内基因组Gene或者SN... 07月28日1,139评论 阅读全文
Genomicsgbrowse图形显示配置 Gbrowse图谱可以分为三部分,overview,region,details,每一部分都可以显示0到多个的映描(track),对于trace的定义,可以分为以下几部分: track显示的内容,显... 07月28日1,766评论 阅读全文