唐碧霞 王彦青 陈旭 庞博 赵文明 (中国科学院北京基因组研究所，北京，100029) 摘 要 高通量测序技术的发展使得测序数据量大规模的增长，从而为研究人员的数据分析工作带来了 挑战。基因组可视化工...
Bioinformatics
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GBrowse访问数据制备
什么样的数据，数据制备为什么格式，保存为什么样的形式，GBrowse进行怎样的设置，基因组图谱上就可以展示出来了。 要展示什么样的数据？ 基因组注释数据，比如contig的拼接关系、功能基因的注释、基...
Bioinformatics
GBrowse安装记录
安装步骤 perl、mysql安装略过 apache安装 % cd httpd-2.x.xx % ./configure --prefix=$HOME/httpd/prefork --with-mpm...
Bioinformatics
GBrowse的介绍与安装
什么是GBrowse？ The Generic Genome Browser (GBrowse) is a genome viewer. GBrowse是个开源的基因组浏览器； 是一个图形化展示基因组...
Bioinformatics
Gbrowse权限管理
或许你的数据没有发布，你只想部分人员访问你的Gbrowse，这就涉及到了权限管理，GBrowse提供了多种机制，你可以限制访问者的主机、IP地址、域名，或者只有通过用户名密码登陆后才可以访问。 Gbr...
Genomics
Gbrowse SNV突变频率图绘制
基因组的某位置，会发生突变，或者说对于多个物种的个体进行测序的话，会发现许多位置不是稳定的只是某个碱基，而应该用频率表示，ACTG出现的频率，如果某个位置有出现两个以上碱基的可能性，我们就将这个位置称...
Genomics
GBrowse之频率直方图
GBrowse之频率直方图，有称为频率分布图，Generating Feature Frequency Histograms，用以展示这些统计信息，可以表意以下信息： 不同区段内基因组Gene或者SN...
Genomics
gbrowse图形显示配置
Gbrowse图谱可以分为三部分，overview，region，details，每一部分都可以显示0到多个的映描（track），对于trace的定义，可以分为以下几部分： track显示的内容，显...