Single Cell

单细胞测序方法比较

导读 在单细胞研究的大潮中,新的测序方法层出不穷。不过,很少有人对这些方法进行系统的比对。慕尼黑大学生物学家Wolfgang Enard最近领导团队,在小鼠胚胎干细胞的基因表达研究中比较了一些常用的单...
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单细胞分析之NicheNet

NicheNet简介 分析原理 大多数细胞通讯的分析方法主要依据公共数据库的配体-受体配对关系,以及配体、受体在细胞亚群的表达情况来推断细胞之间发生了哪些通讯关系,但是配体-受体相互作用如何导致受体细...
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单细胞分析之Garnett

Garnett简介 分析原理 Garnett使用人工定义的marker基因信息来选择细胞,然后基于这些细胞使用弹性网络回归(elastic-net regression)的机器学习算法训练分类器。分类...
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用 RAPIDS 加速单细胞基因组分析

人体由近 40 万亿个细胞组成,有许多不同类型。实验生物学的最新进展使探索单个细胞的遗传物质成为可能。随着单细胞基因组学这一新领域的诞生,科学家们现在可以探测人体内单个细胞的 DNA 和 RNA 。 ...
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CellChat:细胞间相互作用分析利器

前言 我们知道,细胞间信息传递方式一个是细胞表面配受体的相互作用,另一个通过细胞产生的可溶性小分子,即细胞因子。在单细胞数据分析中下游,有时候我们想看某几种细胞类型之间的相互作用,就有人推荐我们做一个...
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单细胞分析之xCell

xCell简介 xCell是开发SingleR包的团队2017年推出的一款推断bulkRNA样本中细胞类型比例的R包,目前在google学术查到它有598次引用。xCell的工作原理是用机器学习算法提...
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