测序中加入Phix的作用 Genomics

测序中加入Phix的作用

测序建库的时候,会加入一定比例的Phix,那么Phix文库有什么作用呢,我转了两篇文章,方便大家理解。Phix文库最主要的目的1)是调节碱基平衡,改善测序仪的空间校正,便于后期提高base calli...
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bedtools 使用小结 Genomics

bedtools 使用小结

概述 BEDTools是可用于genomic features的比较,相关操作及进行注释的工具。而genomic features通常使用Browser Extensible Data (BED) 或...
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ANNOVAR 注释软件 Genomics

ANNOVAR 注释软件

ANNOVAR简介 ANNOVAR是由王凯编写的一个注释软件,可以对SNP和indel进行注释,也可以进行变异的过滤筛选。 ANNOVAR能够利用最新的数据来分析各种基因组中的遗传变异。主要包含三种不...
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用annovar对snp进行注释 Genomics

用annovar对snp进行注释

一、下载及安装软件 这个软件需要edu邮箱注册才能下载,可能是仅对科研高校开放吧。所以软件地址我就不列了。 它其实是几个perl程序,比较重要的是这个人类的数据库,snp注释必须的。 参考:http:...
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GEO数据做生存分析 Genomics

GEO数据做生存分析

一、数据下载 打开GEO,选择GSE17538 数据,然后下载MINiML。 二、格式转化 然后导入GEO_Convert.exe 工具。 导出样本信息数据和数据矩阵。 三、格式修改(可以防止踩大坑)...
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