基因组变异的表示形式 Transcriptomics

基因组变异的表示形式

VCF文件格式 在进行变异检测后我们最后以VCF格式存放找到的变异。尽管大部分情况下,我们都不需要直接和VCF文件打交道,通常就是将其作为输入提供给后续的分析。但是,你对VCF的格式越熟悉,你就能使用...
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为什么说FPKM/RPKM是错的 Transcriptomics

为什么说FPKM/RPKM是错的

去年,我接触了一个RNA-seq的项目,做完之后,我重新思考了FPKM和RPKM的计算,觉得它们很可能是不对的,后来查阅了一些文献终于验证了我的想法。现在我重新将这个过程记录下来: 1. FPKM和R...
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表达富集分析软件ABAEnrichment Bioinformatics

表达富集分析软件ABAEnrichment

以下介绍引用自 表达谱芯片数据的基因功能富集分析 刘 明 王米渠 丁维俊 综述 毕 锋 审校 基因富集分析是生物信息学分析领域的一种分析方法。常见的基因富集分析是基因功能富集分析,这种方法可以对不同层...
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最新最详细的MUMmer中文使用说明 Genomics

最新最详细的MUMmer中文使用说明

如何使用MUMmer比对大片段序列 测序技术刚开始发展的时候,大家得到的序列都是单个基因的长度,所以一般都是逐个基因的比较,用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方式搜索数据库。但是1999...
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如何从BAM文件中提取fastq Bioinformatics

如何从BAM文件中提取fastq

虽然高通量测序分析最常用的操作是将fastq比对到参考基因组得到BAM文件,但偶尔我们也需要提取BAM文件中特定区域中fastq。最开始我认为这是一个非常简单的操作,因为samtools其实已经提供了...
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