这里的新版指的是PacBio公司在2018年9月发布pb-assembly, 而这篇文章是在2018年9月30日发的。 今年早些时候在参加三代培训时，听说PacBio会在今年对Falcon进行一些改变...

在画heatmap的时候，往往由于某种数据分析需要，需要获得聚类后的heatmap的col和row的顺序。这里展示如何从pheatmap的聚类结果中提取我们需要的信息。 这里通过产生随机数据来演示。 ...

pacbio目前有两种主流的测序平台，RSII和Sequel，后者是前者的升级版。 pacbio sequel下机是bam格式的reads文件，它和reads比对到参考基因组上生成的bam文件，内容有...

1. speedseq的安装 1.1 安装前先需安装好python （建议升级到2.7最新版2.7.13），而且需要安装pysam库(需升级到最新版，这里升级到0.11.2版本)，如果没有升级，可能在...

概述 卷积神经网络(Convolutional Neural Network, CNN)是深度学习技术中极具代表的网络结构之一，在图像处理领域取得了很大的成功，在国际标准的ImageNet数据集上，许...

ANI概念 Average Nucleotide Identity (ANI) 是在核酸水平，两两基因组之间所有直系同源蛋白编码基因的相似性，常用于研究基因组之间的进化距离。相较于传统的 DNA-DN...

SOAPdenovo特点 宏基因组denovo组装软件中SOAPdenovo（http://soap.genomics.org.cn/soapdenovo）的使用较为广泛，其具有组装速度快，N50值较...

Binning分析指把宏基因组中不同个体微生物序列分开，使得同一类序列聚集在一起的过程，其中常见的是同种菌株的序列聚类在一起。进行binning分析可以宏基因组数据中复杂的功能信息定位到菌株水平，方便...

扩增子测序不同于其他高通量测序项目，扩增子测序往往样品量较大，但单个样品的数据量要求不高（因为仅仅研究扩增区域的序列）。为了节约成本，研究者们通常会把多个样品混在一个文库，并给不同样品加上一段 Bar...

主成分分析简介 主成分分析 (PCA, principal component analysis)是一种数学降维方法, 利用正交变换 (orthogonal transformation)把一系列可能...