一、BSgenome和BSgenome数据包 Bioconductor提供了某些物种的全基因组序列数据包，这些数据包是基于Biostrings构建的，称为BSgenome数据包。不同物种的BSgeno...
AMOS的安装和使用
AMOS是最早的比较基因组组装软件，AMOS的安装需要先安装MUMer和Qt。 $ wget http://jaist.dl.sourceforge.net/project/mummer/mummer...
samtools常用命令详解
samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以...
Trinity的安装与使用
一、 Trinity简介 Trinity，是由 the Broad Institute 开发的转录组de novo组装软件，由三个独立的软件模块组成： Inchworm,Chrysalis和Butte...
COBALT:NCBI在线蛋白多序列比对
COBALT is a multiple sequence alignment tool that finds a collection of pairwise constraints derived...
使用TopHat分析RNA-Seq结果
TopHat是一个基于Bowtie的RNA-Seq数据分析工具。它可以快速确认exon-exon剪切拼接事件。TopHat有Linux和OS X x86_64编译版本，当然也可以使用原代码编译适合自己...
GO/KEGG富集分析enrichment analysis
本教程使用GOstats来对给定的基因symbols做富集分析。 [code lang="R"] > library("org.Hs.eg.db") > library...
MACS(Model-based Analysis of ChIP-Seq)使用说明
在使用Bowtie比对于完Chip-Seq的结果后，就需要用到MACS或者ERANGE来找出峰所在的位置了。但是由于ERANGE的设置比较复杂，所以最为流行的还是MACS。 我们首先来了解一下MACS...
R/BioC序列处理之三：Biostrings模式匹配和序列比对
Biostrings最后一节，介绍模式匹配和序列比对的相关函数和操作。 下面我们使用拟南芥基因转录起始点上游1kb的序列进行分析。序列文件可以从TAIR网站（http://www.arabidopsi...
R/BioC序列处理之二：Biostrings序列的基本操作
还是先获取随机DNA序列和其他序列对象： library(Biostrings) rndSeq <- function(dict, n) { paste(sample(dict, n, repl...