R语言的各种检验 Script

R语言的各种检验

1、W检验(Shapiro–Wilk (夏皮罗–威克尔 ) W统计量检验)      检验数据是否符合正态分布,R函数:shapiro.test().  结果含义:当p值小于某个显著性水平α(比如0....
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DNA motif 搜索算法总结 Genomics

DNA motif 搜索算法总结

DNA功能域(motif)简单地讲就是一段特定模式的DNA序列,它之所以可以具有生物学功能是因为它的特殊序列可以和调控蛋白结合,比如转录因子,从而可以在短暂时间内锚定功能蛋白。通常,DNA功能域的长度...
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MACS2 安装  Epigenetics

MACS2 安装

最近在学习和使用MACS2,由于Ubuntu的一些配置问题,致使在MACS2的安装始终遇到中断,在查询很多资料以后,最终安装成功,现在与大家在这里一起分享: 1)下载MACS2 $ python se...
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Muscle进行多序列比对 Evolution

Muscle进行多序列比对

软件的主页是 http://www.drive5.com/muscle/ 进入主页,简单看看软件介绍,这个软件还是蛮牛的,一个人在家里自己写出来的,当然,对于普通人来说,这个软件跟clustalW没什...
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RepeatMasker安装方法与使用 Bioinformatics

RepeatMasker安装方法与使用

RepeatMasker是一款专门用于基因组重复序列识别的软件,几乎用于所有物种。是做基因组、非编码RNA的必备软件。很多ncRNA与Repeat区有高度相关性。 安装在Ubuntu 12.04上,时...
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PAML中文手册 Evolution

PAML中文手册

1 综述 PAML(将最大似然法用于系统发育分析)是一个用最大似然法来对DNA和蛋白质序列进行系统发育分析的软件包。 PAML 文档 除了这个手册,请注意以下资源: PAML站点:http://aba...
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