Gene Expression Omnibus (GEO)介绍 Glossary

Gene Expression Omnibus (GEO)介绍

为了支持公共使用和散布基因表达数据,NCBI开始了基因表达汇编(GEO)计划。GEO是努力建立一个基因表达数据仓库和在线资源,用于从任何物种或人造的来源检索基因表达数据。来自于microarray,高...
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Quake的安装方法 Genomics

Quake的安装方法

目前用于二代测序Reads中错误校正的工具比较多,如SOAP的correction、Quake等,目前quake效果比较不错。下面给大家简单介绍quake软件的安装方法 安装 Quake在使用中需要一...
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FastQ数据质量值转换 Script

FastQ数据质量值转换

不同的平台测出来的数据采用的质量编码格式一般会有差异。关于FastQ的格式介绍可以阅读《FastQ格式介绍》 譬如sanger的编码采用的是质量值+33,而Soleax采用的是质量值+64。有时候由于...
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转录组测序问题集锦 Transcriptomics

转录组测序问题集锦

转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合,转录组测序(RNA-seq) 是最近发展起来的利用深度测序技术进行转录分析的方法,可以对全转录组进行系统的研究。 Roche GS FLX Ti...
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DNA甲基化测序问题集锦 Genomics

DNA甲基化测序问题集锦

DNA甲基化(DNA methylation)为DNA化学修饰的一种形式,能在不改变DNA序列的前提下,改变遗传表观。 DNA甲基化在维持细胞正常功能、传递基因组印记,胚胎发育、肿瘤发生等方面发挥重要...
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目标序列捕获测序常见问题集锦 Genomics

目标序列捕获测序常见问题集锦

目标序列捕获测序,是将感兴趣的基因组区域定制成特异性探针与基因组DNA进行杂交(固相或液相),将目标基因组区域的DNA片段进行富集后再利用第二代测序技术进行测序。这种新的方法与PCR方法相比,通量高,...
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