miRNEST:动植物中miRNA数据库

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所属分类:ncRNA

除了收集动植物miRNA及其功能的数据,已存的miRNA资源通常只收集有限数量物种的miRNAs。许多miRNAs,包括一些生物模型中的miRNA,都还没有被发现。因此,现在需要寻找新的microRNA。

波兰Adam Mickiewicz大学 Izabela Makałowska的基因组进化实验室刚建立了miRNEST,一个关于动植物和病毒的miRNA的综合性数据库。数据库的核心部分是作者根据225种动物和202种植物的表达序列标签(EST)进行的miRNA预测。MiRNA寻找是根据序列相似性及已发现的221种动物和199种植物中的10,004个候选miRNA来进行的。除了这些候选miRNA,miRBase中只有299个miRNA未被包含进去。另外,miRNEST的外部miRNA数据已经被并入13个数据库中,其中包括生效的miRNA序列,小RNA测序数据,表达,多样性,靶标数据和进入外部miRNA资源的链接。这些都miRNEST变成了一个可靠的miRNA资源,拥有把544个物种分散的miRNA数据整合成统一格式的网络接口,用户可以方便使用。

官方的相关说明:

miRNEST is a comprehensive collection of animal, plant and virus microRNA data..

The database provides you with:

a) 9980 miRNA candiates from 420 animal and plant species predicted in Expressed Sequence Tags

b) predicted targets for plant candidates

c) RNA-seq reads mapped to candidates from 29 species

d) external data from 12 databases that includes sequences, polymorphism, expression and regulation.

数据库网址:http://lemur.amu.edu.pl/share/php/mirnest/home.php

相关参考文献:Szczesniak MW, Deorowicz S, Gapski J, Kaczynski L, Makalowska I. (2011) miRNEST database: an integrative approach in microRNA search and annotation. Nucleic Acids Res [Epub ahead of print]

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