psRobot :小分子RNA整合分析软件

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所属分类:ncRNA

植物小分子RNA,主要包括microRNA和小干扰RNA,在基因的转录和转录后调控过程中具有重要作用。第二代测序技术的逐渐成熟和广泛应用极大地推动了小分子RNA相关研究的发展,对不同组织和材料中的小分子RNA进行深度测序已成为研究小分子RNA的常规手段。因此,针对这些数据的生物信息学分析成为了研究者们面临的日益突出的问题。

近期遗传发育所王秀杰研究员组开发了一套在线的小分子RNA整合分析软件psRobot。这一软件仅需要用户提交小分子RNA的成熟体序列,就可以借助多种预存的高通量数据系统的鉴定这些小分子RNA是否为microRNA(或具有发夹结构前体的小RNA)以及它们的靶基因情况,它能帮助研究人员获得小分子RNA的产生过程、作用机制以及具有的生物学功能等信息。

psRobot主要分为两个功能模块:

第一个功能模块提供与小分子RNA本身相关的信息,包括小分子RNA在参考基因组上的定位以及茎环结构的位置、在不同小分子RNA合成蛋白突变体或AGO结合实验中的表达水平等。用户可以基于上述分析结果来判断小分子RNA的产生与作用过程。

第二个功能模块进行小分子RNA的靶基因预测,提供包括参考序列库中的所有靶基因位点列表、靶位点的多重性、靶位点的保守性以及降解组数据等生物实验数据信息。

psRobot :小分子RNA整合分析软件

以下是发表在Nucleic Acids Research上的论文摘要:

PsRobot: a web-based plant small RNA meta-analysis toolbox

Small RNAs (smRNAs) in plants, mainly microRNAs and small interfering RNAs, play important roles in both transcriptional and post-transcriptional gene regulation. The broad application of high-throughput sequencing technology has made routinely generation of bulk smRNA sequences in laboratories possible, thus has significantly increased the need for batch analysis tools. PsRobot is a web-based easy-to-use tool dedicated to the identification of smRNAs with stem-loop shaped precursors (such as microRNAs and short hairpin RNAs) and their target genes/transcripts. It performs fast analysis to identify smRNAs with stem-loop shaped precursors among batch input data and predicts their targets using a modified Smith–Waterman algorithm. PsRobot integrates the expression data of smRNAs in major plant smRNA biogenesis gene mutants and smRNA-associated protein complexes to give clues to the smRNA generation and functional processes. Besides improved specificity, the reliability of smRNA target prediction results can also be evaluated by mRNA cleavage (degradome) data. The cross species conservation statuses and the multiplicity of smRNA target sites are also provided.

全文链接:http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2012/06/12/nar.gks554.full

PsRobot的在线服务器网址以及单机版软件下载地址:http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/

参考来源:http://www.ebiotrade.com/newsf/2012-6/2012626152210451.htm

感谢boya888 提供资料。更多关于非编码RNA预测的软件请阅读:https://www.plob.org/2012/06/24/2326.html

ybzhao

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