PET概述 将由各种前期实验得到较长的DNA片段，取出其前后两个端的小段序列，称作Paired-End Tags, 将这些tags进行测序然后map到基因组上，从这两个tags就可以知道得到了基因组上...
Paired-End Tags (PET)用于转录组分析
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BEDTools使用详细说明
简介 1、概述 BEDTools是可用于genomic features的比较，相关操作及进行注释的工具。而genomic features通常使用Browser Extensible Data (B...
Running newbler: de novo transcriptome assembly I
Since version 2.3, newbler has a -cdna option for de novo transcriptome assembly. In this post, I’ll...
Velvet and Oases For Transcriptome Assembly(基于转录组进行拼接)
首先要有Linux环境的服务器或PC，推荐最低需求： 64bit Linux System (Rethat, CentOS, Fedora), 4 core CPU processors, 2.26G...
RNA-SeQC:RNA-Seq数据质量控制的计量方法
RNA-SeQC是一个计算一系列对RNA-Seq数据进行质量控制的计量学的java程序。输入内容可以是一个或者多个BAM文件。输出文件是则包括计量数据的HTML报告和tab delimited文件。这...
wapRNA：RNA与microRNA分析工具
wapRNA是一个RNA序列数据处理的网络平台，支持RNA和microRNA两种序列分析。它集成了多种分析工具，为处理下一代测序技术平台，如（Solexa，SOLiD）产出的RNA序列数据提供了便利。...